feat: 组合包配置集中到 my-pi/ 目录并改为整体重建

- 组合包拥有、可随时重建的配置、日志与缓存统一放在
  <agentDir>/my-pi/：permission-system/（policy.jsonc、hard-guards.jsonc、
  logs/）、rtk-optimizer/config.json、tool-search/（config.json、
  catalog-v1.json）与 system-prompt-cover.md。hashline.json、lsp.json
  由外部扩展读取固定路径，是唯一例外。
- 新增 config/bundle-manifest.json 与 scripts/rebuild-bundle-config.mjs：
  先校验全部来源与目标，在临时目录构建完整树，再整体删除旧 my-pi/
  （符号链接只删链接）并原子替换，不备份。install.sh / update.sh 每次
  运行都调用它；扩展自身不再播种或迁移配置。
- update.sh 删除 pi update 失败后的 git clean 恢复逻辑：Pi 1.3.0 会在
  下一次 pi update 时依据中断标记自行恢复。同时删除 Tool Search
  settings.json 快照迁移与封面部署脚本。
- Tool Search 改为读取 my-pi/tool-search/config.json（源为
  config/tool-search.json，须与 BUNDLE_TOOL_SEARCH_DEFAULTS 一致），
  不再读写 settings.json 的 toolSearch 段，移除 bundleDefaultsVersion。
- 默认权限策略开启 debugLog。
- 旧位置的残留文件不迁移、不清理；AGENTS.md / README 同步新约束。

Generated with [Devin](https://devin.ai)

Co-Authored-By: Devin <158243242+devin-ai-integration[bot]@users.noreply.github.com>

AGENTS.md

@@ -28,10 +28,10 @@
 - `extensions/plugin-init.ts`：注册用户显式触发的 `/plugin_init`，在确认当前项目后只初始化缺失的 CodeGraph 状态，并在全部成功后调用 Pi 官方热重载。
 - `context-mode`：加载上游 Pi adapter 与 skills，提供 `ctx_*` 工具、隔离式大输出处理和会话连续性。
 - `extensions/hashline.ts`：部署组合包权威 `config/pi-hashline-edit.json` 后加载 `pi-hashline-edit`，以行哈希锚点覆盖内置 `read` / `edit`；Hashline 自带 `grep` 强制关闭。
-- `extensions/permission-system.ts`：直接加载仓库内 `pi-permission-system/src/index.ts`；只在目标缺失时把 `config/pi-permission-policy.jsonc` / `config/pi-permission-hard-guards.jsonc` 原子部署为 owner-only 全局用户配置，旧全局 `config.json` 仅复制迁移为 `policy.jsonc`。项目级 policy 不读取；已存在的 `policy.jsonc` 永不被覆盖，其内容完全由用户维护。
+- `extensions/permission-system.ts`：直接加载仓库内 `pi-permission-system/src/index.ts`，自身不部署、不播种、不迁移任何配置。`config/pi-permission-policy.jsonc` / `config/pi-permission-hard-guards.jsonc` 由 `install.sh` / `update.sh` 经 `scripts/rebuild-bundle-config.mjs` 部署到 `<agentDir>/my-pi/permission-system/`（policy.jsonc 与 hard-guards.jsonc 且权限 owner-only）；旧 `extensions/pi-permission-system/` 位置的残留文件被忽略，不迁移也不清理。项目级 policy 不读取。
 - `extensions/lsp.ts`：把组合包内 TypeScript Language Server CLI 物化为绝对命令路径，部署 TypeScript/Kotlin/JDT LS 全局配置并加载 `pi-lsp`。
 - `extensions/tool-routing.ts`：保留 Pi 默认系统提示词，在每轮开始前按激活工具追加简短路由规则，并提供 `/dump-system-prompt` 将扩展所见的有效提示词写入 `.pi-debug/effective-system-prompt.md`。
-- `extensions/system-prompt-cover.ts`：把 Pi 默认系统提示词的开头替换为组合包权威 `config/system-prompt-cover.md`（部署到 `~/.pi/agent/SYSTEM_COVER.md`），并用文本拼接保留其余全部分区及其原始顺序。必须注册在 `tool-routing.ts` **之前**：`tool-routing` 会以 `forceSystemPrompt` 压平提示词，在其后改 `systemPromptOptions` 将不再影响本轮请求。封面文件缺失或空白时不干预。`install.sh` / `update.sh` 从升级后组合包中的 `scripts/deploy-system-prompt-cover.mjs` 同步该文件，不保留备份、直接覆盖。
+- `extensions/system-prompt-cover.ts`：把 Pi 默认系统提示词的开头替换为组合包权威 `config/system-prompt-cover.md`（部署到 `~/.pi/agent/my-pi/system-prompt-cover.md`），并用文本拼接保留其余全部分区及其原始顺序。必须注册在 `tool-routing.ts` **之前**：`tool-routing` 会以 `forceSystemPrompt` 压平提示词，在其后改 `systemPromptOptions` 将不再影响本轮请求。封面文件缺失或空白时不干预。`install.sh` / `update.sh` 经 `scripts/rebuild-bundle-config.mjs` 与全部组合包配置一起整体重建该文件，不保留备份。
 - `pi-chrome/`：从上游源码导入并由本仓库直接维护，通过用户安装的 unpacked MV3 扩展与 `127.0.0.1:17318` loopback bridge 接管当前已登录 Chrome；控制默认锁定，每个 Pi session 必须显式 `/chrome authorize`。
 - 上游来源：<https://github.com/tianrendong/pi-chrome>
 - 初始导入快照：`017ff4b9a639f0b8b213e58a3f30613fc38edcc8`（`0.15.46`，该 commit 无对应 tag）。
@@ -62,8 +62,8 @@
 - 上游来源二：<https://github.com/ogulcancelik/pi-extensions/tree/main/packages/pi-codex-compaction>，导入快照 `c4d6ca8fb484ba51684296ba8b4715f8c7b3ac91`（`0.1.4`）。
 - `pi-compaction` 采用全新的 `pi-compaction` version 1 Session 记录和 `settings.json.piCompaction` 配置，不读取或迁移旧 `context-prune-*`、`contextPrune` 或 `openai-codex-native-compaction` 状态；切换后应使用新 Session。两份上游 MIT 许可证及来源差异保留在包内。
 - 根包还固定安装 `@tavily/pi-extension@0.1.2`、`@keenable/pi-search@0.1.2`、`pi-hashline-edit@0.8.3`、`typescript-language-server@5.3.0` 和 `typescript@6.0.3`；`@gotgenes/pi-permission-system`、`@smoose/pi-notify`、`pi-ask-user`、`pi-chrome`、`pi-compaction`、`pi-hermes-memory`、`pi-minimal-footer`、`pi-ssh` 与 `pi-tool-search` 分别指向仓库内对应目录的本地 `file:` 依赖；`pi-subagents/` 仅保留源码，不作为根运行时依赖。
-- `install.sh`：先安装根组合包，再交互检查 Kitty/Solarized Dark、Oh My Zsh/Powerlevel10k/Zsh 插件、CodeGraph、Kotlin LSP、Java 21+ 和 JDT LS；缺失项目只在用户明确选择 `Y` 后安装或配置。Powerlevel10k 默认配置来自仓库内置的 `config/p10k.zsh`（当前 Rainbow/ASCII 单行紧凑主题）。
-- `update.sh`：先通过 `pi update` 升级根组合包，再只升级当前已安装的终端环境和机器级依赖；未安装项直接跳过。不得在 `pi update` 前预清理安装缓存；仅当默认 Git 来源首次升级失败、Pi 的精确中断标记存在、canonical checkout 根目录和 `origin` 均通过身份校验时，才允许对该缓存执行最多 4 次连续 `git clean -fdx`，随后只重试一次 `pi update`，由 Pi 自己恢复依赖和清除标记；自定义来源、标记缺失或身份不匹配必须保持 fail-fast。升级成功后只能调用可定位的更新后组合包 Node helper 检查 Pi agent `settings.json`：只有 `toolSearch` 完整精确匹配某个已提交的旧默认快照时，才创建从生成起即为权限 `600` 的时间戳备份、以同目录临时文件原子迁移到当前默认值并写入当前 `bundleDefaultsVersion`；任何自定义或无效配置必须保留，提交前检测到内容变化必须中止。无法从 `PI_PACKAGE_SOURCE` 定位更新后 helper 时必须保留配置并报告失败，不能回退到可能陈旧的脚本目录 helper。其他组件升级前先查询并比较本地与远端版本，只有版本不同时才下载或替换；Powerlevel10k 配置优先从 `pi update` 后的已安装组合包读取，并与 `.zshrc` 受管块一起按内容比较后增量同步。
+- `install.sh`：先安装根组合包，再通过 `scripts/rebuild-bundle-config.mjs` 整体重建 `<agentDir>/my-pi/` 受管配置目录，然后交互检查 Kitty/Solarized Dark、Oh My Zsh/Powerlevel10k/Zsh 插件、CodeGraph、Kotlin LSP、Java 21+ 和 JDT LS；缺失项目只在用户明确选择 `Y` 后安装或配置。Powerlevel10k 默认配置来自仓库内置的 `config/p10k.zsh`（当前 Rainbow/ASCII 单行紧凑主题）。
+- `update.sh`：先通过 `pi update` 升级根组合包，再只升级当前已安装的终端环境和机器级依赖；未安装项直接跳过。不得在 `pi update` 前预清理安装缓存；`pi update` 失败时 fail-fast 停止——Pi 1.3.0 会在下一次 `pi update` 时依据其 `.pi-update-incomplete` 标记自行重跑 `git clean -fdx` 与依赖安装完成自愈，本脚本不做人工恢复。升级成功后调用可定位的更新后组合包 Node helper `scripts/rebuild-bundle-config.mjs` 整体重建 `<agentDir>/my-pi/`：先按 `config/bundle-manifest.json` 校验全部来源与目标，在 agent 目录内构建临时树，再删除旧 `my-pi/`（符号链接只删链接不跟随）并原子替换，不备份、不迁移、不合并不属于组合包的内容。无法从 `PI_PACKAGE_SOURCE` 定位更新后 helper 时必须报告失败，不能回退到可能陈旧的脚本目录 helper。其他组件升级前先查询并比较本地与远端版本，只有版本不同时才下载或替换；Powerlevel10k 配置优先从 `pi update` 后的已安装组合包读取，并与 `.zshrc` 受管块一起按内容比较后增量同步。
 - `uninstall.sh`：先移除根组合包，其他共享终端环境和机器工具不卸载。不得删除 `.pi/agent/pi-hermes-memory/`、`projects-memory/`、`.hippo/` 或任何用户记忆数据。
 
 ## 当前职责与默认行为
@@ -78,7 +78,7 @@
 - Hashline 默认以 2 字符行哈希覆盖内置 `read` / `edit`，`grep` 和 `replaceText` 均关闭；它保证锚定编辑而不负责压缩，大文件上下文节省必须来自先定位/隔离分析、再做最小范围 `offset/limit` 读取。
 - 工具路由规则不得替换 Pi 默认系统提示词：代码结构、调用关系和待修改 symbol 优先 CodeGraph，定义/引用/类型/诊断优先 LSP；工作区内大文件探索、分析和总结优先 `ctx_execute_file`，日志、构建与不可预测命令输出优先 Context Mode；字面搜索先用 FFF `find` 收敛文件位置，再在收敛路径内用 `grep`/`multi_grep` 获取行号；真正修改前才用小范围 Hashline `read` 获取新鲜锚点并用锚定 `edit`。在线搜索按场景只先选一个服务：广泛发现、新闻和候选来源用 Tavily，官方/技术/论文和高确定性来源用 Exa，中文、站点限定和日期筛选用 Keenable；只有必要时才跨服务复核。遇到大量结果、截断或上限时继续缩小范围，不得靠提高 limit 或倾倒全部结果解决。
 - `ask_user_question` 只用于模型继续任务所必需的用户决定、偏好、确认或澄清；不得重复询问直接用户消息中已有的信息。工具支持交互式 TUI 与具备 Pi extension UI bridge 的 RPC 客户端、顺序执行和最多 8 题；RPC 必须使用标准 `select` / `input` 对话框逐题收集，JSON/print 等无 UI 模式保持拒绝。取消或 abort 必须返回 `cancelled: true`，不得伪造答案，且 `/qna` 不属于该扩展。其成功 `details.answers` 必须保留 `question` / `answer` 字段，以匹配 AutoReview 已有的可信结构化用户交互边界。
-- Tool Search 默认常驻核心 `read` / `write` / `edit` / `bash` / `grep` / `find`、`codegraph_explore`、`lsp_diagnostics`、`ctx_execute` / `ctx_execute_file` / `ctx_batch_execute`、六个记忆工具与 `context_tree_query`，以及 `tool_search`；Windows 上内置 `powershell` 必须与 `bash` 同属固定本地 Shell 核心工具，非 Windows 平台必须从目录中过滤。首次创建完整默认 `toolSearch` 段时必须通过唯一同目录临时文件以权限 `600` 原子写入并记录当前 `bundleDefaultsVersion`，已有自定义段只补缺失运行时字段且不得伪造迁移来源标记。其余组合包工具必须优先使用 `pi-tool-search/extensions/bundle-groups.ts` 中提交的权威工作流分组；精确已有分组必须直接激活，不得等待无关未知工具的模型增强。默认最多 5 个动态组、模型组最多 8 个工具、动态工具总数最多 28；`groups` 可原子激活最多 5 个精确组，完整请求超限时不得改变当前状态；加载或组内调用更新 LRU，超限先移除最久未用的非请求组。自然语言查询必须优先精确工具名和已提交 workflow alias，弱匹配或近似同分只能返回候选，不得任意激活；`/tool-search-status` 必须显示当前容量、LRU 顺序与最近淘汰原因。
+- Tool Search 默认常驻核心 `read` / `write` / `edit` / `bash` / `grep` / `find`、`codegraph_explore`、`lsp_diagnostics`、`ctx_execute` / `ctx_execute_file` / `ctx_batch_execute`、六个记忆工具与 `context_tree_query`，以及 `tool_search`；Windows 上内置 `powershell` 必须与 `bash` 同属固定本地 Shell 核心工具，非 Windows 平台必须从目录中过滤。配置从 `<agentDir>/my-pi/tool-search/config.json` 读取（由 rebuild 脚本部署 `config/tool-search.json`），文件缺失或无效时回退 `BUNDLE_TOOL_SEARCH_DEFAULTS`；扩展自身不播种、不迁移，也不再读写 `settings.json` 的 `toolSearch` 段。其余组合包工具必须优先使用 `pi-tool-search/extensions/bundle-groups.ts` 中提交的权威工作流分组；精确已有分组必须直接激活，不得等待无关未知工具的模型增强。默认最多 5 个动态组、模型组最多 8 个工具、动态工具总数最多 28；`groups` 可原子激活最多 5 个精确组，完整请求超限时不得改变当前状态；加载或组内调用更新 LRU，超限先移除最久未用的非请求组。自然语言查询必须优先精确工具名和已提交 workflow alias，弱匹配或近似同分只能返回候选，不得任意激活；`/tool-search-status` 必须显示当前容量、LRU 顺序与最近淘汰原因。
 - `pi-chrome` 在未授权时不注册 Chrome 工具；显式授权后出现的 21 个 `chrome_*` 工具必须由 Tool Search 分入 `chrome-navigation`、`chrome-interaction`、`chrome-debugging`，不得落入 unknown-tools 模型增强路径。授权撤销或过期时必须停用全部 21 个工具，包括 `chrome_find` / `chrome_inspect`；Tool Search 重新激活 schema 不能替代每次执行时的授权校验。
 - 标准组合包工具全部命中预置目录时 Tool Search 不得调用模型、创建用户缓存或发送隐藏 schema。只有存在未识别第三方工具时才允许惰性模型增强；生成结果必须保留全部预置 assignment，模型元数据不得替代真实名称、参数或 schema。缓存必须位于 agent 目录且权限 `600`；模型失败必须继续使用预置目录 + 确定性未知工具分组。`groupOverrides` 优先级高于预置分组。
 - Tool Search 必须直接使用当前 `@earendil-works/pi-coding-agent`、`typebox`、`ModelRegistry.complete()` 和 `setActiveTools()`；首次纯增加载使用当前 Pi 的增量结果传播，LRU 替换允许走宿主安全 fallback。不得安装或映射旧 `@mariozechner` runtime，不得恢复 provider payload 改写、代理分发或隐藏 `sendMessage` steer/retry 兼容循环。Tool Search 是唯一可调用 `getActiveTools()` / `setActiveTools()` 管理工具显隐的组合包扩展；`pi-permission-system` 只能在调用时裁决，不能读写 active tool 列表。
@@ -112,13 +112,14 @@
 - `skill_manage` 是 `pi-hermes-memory` 提供的能力，不是 Pi 宿主能力：Pi 只发现并加载 skill 目录（`~/.pi/agent/skills/` 加扩展通过 `resources_discover` 注册的目录），没有创建 skill 的工具。该扩展同时承担 skill 写入与目录注册；不加载它，`projects-memory/<项目>/skills/` 下的既有 skill 也不会被 Pi 发现。
 - `install.sh` 默认从 `git:git@bitbucket.org:siakitem/my-pi.git` 安装，并允许用 `PI_PACKAGE_SOURCE` 覆盖来源；组合包安装失败时立即停止，机器级依赖安装失败时继续检查其余依赖并最终返回非零状态。
 - CodeGraph 的可选安装使用官方远程安装脚本；macOS Kitty 使用 Homebrew cask，其他系统使用 Kitty 官方安装器；Kotlin LSP、Java 21 和 JDT LS 使用 Homebrew；Oh My Zsh 使用官方安装器，Powerlevel10k 与两个第三方 Zsh 插件从各自官方 Git 仓库克隆。升级时 Git checkout、Homebrew 包、Kitty 官方安装和 CodeGraph 都必须先比较本地与远端版本，版本一致时不得重新下载安装；无法可靠比较时保留现状并报告。缺少 Homebrew、curl 或 git 时保留已经完成的组合包安装并报告失败。
-- `install.sh` 不检查默认不需要的 `rtk` CLI；`update.sh` 和 `uninstall.sh` 使用同一个 `PI_PACKAGE_SOURCE` 规则分别调用 `pi update` 和 `pi remove`。运行 `update.sh` 视为明确授权升级已安装组件及同步已有受管配置；其中 Tool Search 只能自动迁移完整匹配仓库已知默认快照的配置，不能逐字段猜测或覆盖自定义值。不得安装缺失组件或改写受管块之外的用户配置；卸载不得删除用户记忆数据，其他共享机器级工具保持不变。
+- `install.sh` 不检查默认不需要的 `rtk` CLI；`update.sh` 和 `uninstall.sh` 使用同一个 `PI_PACKAGE_SOURCE` 规则分别调用 `pi update` 和 `pi remove`。运行 `update.sh` 视为明确授权升级已安装组件并整体重建 `<agentDir>/my-pi/` 受管配置目录：重建按 `config/bundle-manifest.json` 全量替换，不逐字段迁移或合并用户改动；需要长期保留的自定义必须改仓库 `config/` 源文件。不得安装缺失组件或改写受管块之外的用户配置；卸载不得删除用户记忆数据，其他共享机器级工具保持不变。
+- `<agentDir>/my-pi/` 只存放组合包拥有、可随时重建的配置/日志/缓存；`install.sh` / `update.sh` 每次运行都整体删除后按 `config/bundle-manifest.json` 重建且不备份。需要长期保留的配置修改必须改仓库 `config/` 中的源文件；用户数据（记忆、会话、`auth.json`、`models.json`、`settings.json`、`search.env` 等）不得放入该目录。外部 npm 扩展固定路径的 `hashline.json`、`lsp.json` 位于 agent 根目录，是唯一例外；旧位置（`extensions/pi-permission-system/`、`settings.json` 的 `toolSearch` 段、agent 根 `SYSTEM_COVER.md`）的残留不迁移也不清理。
 
 ## 修改边界
 
 - 优先在目标扩展目录内完成改动；不要让一个扩展依赖另一个扩展的未公开内部实现。
 - 保留原项目的 `LICENSE`、版权信息和必要的来源说明。
-- 扩展运行目录中的用户 `policy.jsonc` / `hard-guards.jsonc`、旧 `config.json`、日志、构建产物、覆盖率目录和依赖目录属于本地状态，不应提交；`config/pi-permission-policy.jsonc`、`config/pi-permission-hard-guards.jsonc`、`config/pi-hashline-edit.json` 与 `config/lsp.json` 分别是新安装权限种子、Hashline 默认行为和 LSP 后端的组合包权威源配置，必须提交并维护。
+- agent 目录下扩展运行时产生的数据——`<agentDir>/my-pi/` 受管重建目录、旧 `extensions/pi-permission-system/` 残留、日志、构建产物、覆盖率目录和依赖目录——属于本地状态，不应提交；`config/bundle-manifest.json`、`config/pi-permission-policy.jsonc`、`config/pi-permission-hard-guards.jsonc`、`config/tool-search.json`、`config/system-prompt-cover.md`、`config/pi-hashline-edit.json` 与 `config/lsp.json` 是组合包权威源配置，必须提交并维护。
 - 外部 Pi 扩展依赖必须在根 `package.json` 中使用精确版本，自维护扩展必须使用本地 `file:` 依赖，并更新根 `package-lock.json`；不要用仓库级 `.pi/settings.json` 代替组合包依赖。
 - 需要原生构建的依赖只按锁定版本加入根 `allowScripts`；当前 `better-sqlite3@12.11.1` 仍由 Context Mode 使用并保持精确放行。`pi-hermes-memory` 的 `better-sqlite3@13` 运行时使用包内 N-API 预编译二进制，npm 因 `binding.gyp` 推断出的 `node-gyp rebuild` 无需执行，不得为此新增放行条目。
 - Pi 核心包只作为宿主 peer dependencies，不得在组合包内再安装或打包一套 Pi runtime；保留根 `.npmrc` 的 peer 安装策略。
@@ -129,7 +130,7 @@
 - `pi-notify/` 的根依赖必须保持 `file:./pi-notify`，组合包直接加载 `pi-notify/src/index.ts`；不得同时安装或加载 npm 预编译入口，否则会重复通知。
 - 上游仅作为参考来源。同步上游改动时先核对本仓库已有修改，再按明确范围移植；不要直接覆盖本地实现。
 - `install.sh`、`update.sh`、`uninstall.sh` 和 `search_config.sh` 必须保持 POSIX `sh` 兼容和可执行权限，并包含在根 `package.json` 的 `files` 中；修改脚本行为时同步更新 README 和本文件。
-- 安装流程中的机器级依赖和用户终端配置必须保持逐项询问且默认拒绝，不得在没有用户明确确认的情况下自动安装或改写。用户主动运行 `update.sh` 只授权升级已安装项和同步已有受管配置；Tool Search 完整旧默认快照迁移属于该受管同步，但必须先备份并保持 fail-safe。缺失项仍必须跳过。`.zshrc` 修改必须局限于受管块并保留备份，卸载不得顺带删除或还原共享工具和用户终端配置。
+- 安装流程中的机器级依赖和用户终端配置必须保持逐项询问且默认拒绝，不得在没有用户明确确认的情况下自动安装或改写。用户主动运行 `update.sh` 只授权升级已安装项和整体重建 `my-pi/` 受管配置目录；重建必须先完成全部校验并在临时目录构建成功后一次性替换，任何失败不得留下半重建状态。缺失项仍必须跳过。`.zshrc` 修改必须局限于受管块并保留备份，卸载不得顺带删除或还原共享工具和用户终端配置。
 - 未经明确要求，不执行发布、提交、推送、运行安装/卸载脚本或安装到用户 Pi 运行目录等外部写操作。
 
 ## 根目录 TypeScript 与 LSP 验证约定
@@ -171,7 +172,7 @@
 - 扩展入口是 `pi-hermes-memory/src/index.ts`，来源记录是 `pi-hermes-memory/UPSTREAM.md`；只从官方 `chandra447/pi-hermes-memory` 的明确 tag/commit 移植并保留官方 README、LICENSE 和版权。
 - 根包必须通过 `file:./pi-hermes-memory` 提供依赖并直接加载仓库源码；不得同时安装或加载 npm 预编译入口，也不得保留第二个记忆扩展（`hippo-memory-pi` 已移除）。
 - `package.json` 的 `pi.extensions` 必须把 `./pi-hermes-memory/src/index.ts` 排在 `./pi-compaction/index.ts` 之前，否则 `flushOnCompact` 会被 `pi-compaction` 的 `{ cancel: true }` 静默跳过；根 `tests/extension-load.test.ts` 必须断言该顺序。
-- 六个记忆工具与 `context_tree_query` 必须在 `pi-tool-search/extensions/config.ts` 的 `BUNDLE_TOOL_SEARCH_DEFAULTS.alwaysEnabled` 中常驻，并由 `pi-tool-search/extensions/bundle-groups.ts` 的 `memory-recall` / `memory-management` 分组提供目录元数据（`context_tree_query` 留在 `memory-recall`）。新增、删除或重命名这些工具时必须同步 `bundle-groups.ts`、`BUNDLE_TOOL_SEARCH_DEFAULTS_VERSION`、`scripts/migrate-tool-search-settings.mjs` 的旧快照常量、Tool Search 测试、权限策略与 `pi-tool-search` 的 README / CHANGELOG。
+- 六个记忆工具与 `context_tree_query` 必须在 `pi-tool-search/extensions/config.ts` 的 `BUNDLE_TOOL_SEARCH_DEFAULTS.alwaysEnabled` 中常驻，并由 `pi-tool-search/extensions/bundle-groups.ts` 的 `memory-recall` / `memory-management` 分组提供目录元数据（`context_tree_query` 留在 `memory-recall`）。新增、删除或重命名这些工具时必须同步 `bundle-groups.ts`、`BUNDLE_TOOL_SEARCH_DEFAULTS`、`config/tool-search.json`（二者必须完全一致）、Tool Search 测试、权限策略与 `pi-tool-search` 的 README / CHANGELOG。
 - 依赖必须保持 `better-sqlite3@^13.0.3`：13.x 运行时使用包内 N-API 预编译二进制 `prebuilds/<platform>.node`，不依赖 node-gyp 编译产物，必须能由 npm 嵌套安装并与根 `better-sqlite3@12.11.1` 并存。不得把它降级回 12.x（Node 24 下会在进程退出时 SIGABRT），也不得让根包提升为单一版本。
 - `devDependencies` 中的 `@earendil-works/*` 必须与根包当前版本精确一致。若写成 `^0.80.2` 这类与根不兼容的范围，npm 会在本目录嵌套安装第二套 Pi runtime，违反"不得在组合包内再安装一套 Pi runtime"的纪律；`typebox`、`tsx`、`typescript`、`@types/better-sqlite3` 同理，必须钉到根已有版本。
 - 全局记忆、项目记忆与 skill 位于 `~/.pi/agent/pi-hermes-memory/` 与 `~/.pi/agent/projects-memory/`，配置位于 `~/.pi/agent/hermes-memory-config.json`；这些属于用户数据，安装、升级与卸载脚本不得创建、迁移或删除。
@@ -239,14 +240,14 @@
 
 ## `extensions/system-prompt-cover.ts` 开发约定
 
-- 扩展入口是 `extensions/system-prompt-cover.ts`；纯 helper（`spliceCover` / `readCoverFile` / `resolveCoverPath` / `COVER_FILE_NAME`）位于 `extensions/system-prompt-cover-config.ts` 以便 `node --test` 单测；部署 helper 是 `scripts/deploy-system-prompt-cover.mjs`；组合包权威源是 `config/system-prompt-cover.md`。
+- 扩展入口是 `extensions/system-prompt-cover.ts`；纯 helper（`spliceCover` / `readCoverFile` / `resolveCoverPath` / `COVER_FILE_NAME`）位于 `extensions/system-prompt-cover-config.ts` 以便 `node --test` 单测；部署由 `scripts/rebuild-bundle-config.mjs` 按 `config/bundle-manifest.json` 统一完成；组合包权威源是 `config/system-prompt-cover.md`。
 - 只能使用 Pi 的 `forceSystemPrompt` 投影路径（`before_agent_start` 返回 `{ systemPrompt }`）配合文本拼接来保持分区顺序；不得改用 `customPrompt` 选项。后者会抑制 `tools` / `rules` / `docs` 三个分区，而回填只能追加到末尾，无法恢复原顺序。
 - 不得在 handler 中写 `customPrompt` 或依赖其生效：`forceSystemPrompt` 优先级更高，二者同时存在时 `customPrompt` 会被静默忽略而不报错。
 - 分割边界必须是独占一行的裸标签（带 backreference 同名闭合），不能匹配带属性的标签：`<project_instructions path="...">` 嵌套在 `<project_context>` 内，只有裸标签才是分区边界。
-- 封面文件必须叫 `SYSTEM_COVER.md`，不得改名为 `SYSTEM.md`：后者会被 Pi 先当成 `customPrompt` 读入，封面扩展拿到的提示词会缺少可回填的分区。
+- 封面文件是 `<agentDir>/my-pi/system-prompt-cover.md`，不得改名为 `SYSTEM.md`：后者会被 Pi 先当成 `customPrompt` 读入，封面扩展拿到的提示词会缺少可回填的分区。
 - 文件缺失、不可读或为空白时必须静默 no-op，保持 Pi 默认封面；不得写入空 preamble，也不得因读取失败阻止其他扩展加载。
-- `install.sh` / `update.sh` 必须从**升级后**组合包内的 helper 同步封面，禁止回退到可能陈旧的脚本目录；脚本只在自身目录（`install.sh`）或 `updated_bundle_dir`（`update.sh`）内定位 helper，缺失时报告失败但继续处理其他组件。部署不保留备份并直接覆盖，与 `pi-hashline-edit.json` 的组合包权威配置语义一致。
-- 修改 `spliceCover` 语义、注册顺序、部署路径或脚本钩子后，必须运行 `node --test tests/system-prompt-cover.test.ts`、`node --test tests/extension-load.test.ts`、`sh -n install.sh`、`sh -n update.sh`，并确认 `npm pack --dry-run` 包含 `config/system-prompt-cover.md` 与 `scripts/deploy-system-prompt-cover.mjs`。
+- `install.sh` / `update.sh` 必须从**当前升级后**组合包内的 helper 重建 `my-pi/`（`update.sh` 只定位 `updated_bundle_dir` 内的 `scripts/rebuild-bundle-config.mjs`，禁止回退到可能陈旧的脚本目录；`install.sh` 使用自身脚本目录副本），helper 缺失时报告失败但继续处理其他组件。重建不保留备份，与 `pi-hashline-edit.json` 的组合包权威配置语义一致。
+- 修改 `spliceCover` 语义、注册顺序、部署路径或脚本钩子后，必须运行 `node --test tests/system-prompt-cover.test.ts`、`node --test tests/bundle-config-rebuild.test.ts`、`node --test tests/extension-load.test.ts`、`sh -n install.sh`、`sh -n update.sh`，并确认 `npm pack --dry-run` 包含 `config/system-prompt-cover.md`、`config/bundle-manifest.json` 与 `scripts/rebuild-bundle-config.mjs`。
 
 
 ## `pi-ask-user` 开发约定
@@ -261,7 +262,7 @@
 
 ## `pi-tool-search` 开发约定
 
-- 扩展入口是 `pi-tool-search/extensions/index.ts`，组合包权威分组位于 `pi-tool-search/extensions/bundle-groups.ts`，目录生成/校验/缓存位于 `pi-tool-search/extensions/catalog.ts`，配置部署位于 `pi-tool-search/extensions/config.ts`，测试保留在 `pi-tool-search/test/`。
+- 扩展入口是 `pi-tool-search/extensions/index.ts`，组合包权威分组位于 `pi-tool-search/extensions/bundle-groups.ts`，目录生成/校验/缓存位于 `pi-tool-search/extensions/catalog.ts`，配置读取与路径解析位于 `pi-tool-search/extensions/config.ts`（`<agentDir>/my-pi/tool-search/config.json`，由 rebuild 脚本部署），测试保留在 `pi-tool-search/test/`。
 - 同步上游必须记录明确 tag/commit，保留 README、CHANGELOG、文档、作者和许可证说明；不得导入上游 `.pi`、嵌套 `.git`、`node_modules` 或构建产物。
 - 修改 Tool Card 提示词、目录校验、分组、缓存、active-tool/LRU 生命周期、配置或工具结果时，必须同步更新包内 README、当前动态加载文档、CHANGELOG 和测试。
 - 新增、删除或重命名组合包暴露工具时必须同步维护 `BUNDLE_GROUP_DEFINITIONS`；日常只读工具、provider 工具和高风险管理工具不得因名称相似而混入同一大组，根验证应确认标准组合包没有落入 unknown-tools 路径。
@@ -272,7 +273,7 @@
 
 组合包依赖或加载入口变化时，至少验证根 `npm install` 幂等、锁文件有效、MCP adapter 唯一所有者不变量测试，以及全部扩展可在隔离的临时 Pi agent 目录加载。权限配置变化时使用仓库内固定快照的 `pi-permission-system` schema 校验，并验证包装入口部署后的文件与仓库源配置一致。
 
-安装、升级、卸载、搜索或 SSH 配置脚本变化时，至少运行 `sh -n install.sh`、`sh -n update.sh`、`sh -n uninstall.sh`、`sh -n search_config.sh`、`sh -n ssh_config.sh` 和 ShellCheck，并核对脚本仍具有可执行权限、仍包含在根 `package.json` 的 `files` 中、README 描述与实际流程一致。Git 升级中断恢复必须用隔离 agent dir 和 mock `pi` / `git` 覆盖合法标记连续清理后成功、无标记保持失败、checkout 身份不匹配拒绝清理及单次 Pi 重试边界。Tool Search settings 迁移必须用隔离 agent dir 覆盖完整旧快照迁移、当前值幂等、自定义配置保留、无效 JSON fail-safe、备份/权限、`pi update` 失败不迁移和 `PI_CODING_AGENT_DIR`。搜索配置测试只能使用虚拟 key 和隔离 HOME；SSH 配置测试必须使用隔离 HOME、虚拟凭据与 mock transport，不得连接真实服务器或把真实密码写入测试输出。涉及真实 `pi install`、`pi update`、`pi remove`、Homebrew、远程安装器、Git 克隆、真实 SSH 连接或真实用户终端配置的端到端验证属于外部写操作，未经明确要求不得执行；可以使用隔离的临时 HOME 和 mock 命令验证分支行为。
+安装、升级、卸载、搜索或 SSH 配置脚本变化时，至少运行 `sh -n install.sh`、`sh -n update.sh`、`sh -n uninstall.sh`、`sh -n search_config.sh`、`sh -n ssh_config.sh` 和 ShellCheck，并核对脚本仍具有可执行权限、仍包含在根 `package.json` 的 `files` 中、README 描述与实际流程一致。组合包配置重建必须用隔离 agent dir 覆盖：`my-pi/` 全量替换且内容字节一致、权限 `600`/`700`、目录外文件不受影响、空或相对 agentDir 拒绝且不删除、manifest 目标越界拒绝且不删除、`my-pi/` 为符号链接时只替换链接且不触碰目标目录；`update.sh` 中 helper 无法定位时必须记录失败且不回退脚本目录。搜索配置测试只能使用虚拟 key 和隔离 HOME；SSH 配置测试必须使用隔离 HOME、虚拟凭据与 mock transport，不得连接真实服务器或把真实密码写入测试输出。涉及真实 `pi install`、`pi update`、`pi remove`、Homebrew、远程安装器、Git 克隆、真实 SSH 连接或真实用户终端配置的端到端验证属于外部写操作，未经明确要求不得执行；可以使用隔离的临时 HOME 和 mock 命令验证分支行为。
 
 记忆扩展变化必须额外验证：`pi-hermes-memory` 在隔离临时 Pi agent 目录中可加载且注册 6 个工具、`pi.extensions` 中排在 `pi-compaction` 之前、Tool Search 目录把六个工具归入 `memory-recall` / `memory-management` 且全部常驻、权限策略默认 `allow`、`better-sqlite3@13` 嵌套安装与根 `12.11.1` 并存。不得在测试中连接真实数据库或修改真实 `~/.pi/agent/` 记忆数据。