feat: 组合包配置集中到 my-pi/ 目录并改为整体重建

- 组合包拥有、可随时重建的配置、日志与缓存统一放在
  <agentDir>/my-pi/：permission-system/（policy.jsonc、hard-guards.jsonc、
  logs/）、rtk-optimizer/config.json、tool-search/（config.json、
  catalog-v1.json）与 system-prompt-cover.md。hashline.json、lsp.json
  由外部扩展读取固定路径，是唯一例外。
- 新增 config/bundle-manifest.json 与 scripts/rebuild-bundle-config.mjs：
  先校验全部来源与目标，在临时目录构建完整树，再整体删除旧 my-pi/
  （符号链接只删链接）并原子替换，不备份。install.sh / update.sh 每次
  运行都调用它；扩展自身不再播种或迁移配置。
- update.sh 删除 pi update 失败后的 git clean 恢复逻辑：Pi 1.3.0 会在
  下一次 pi update 时依据中断标记自行恢复。同时删除 Tool Search
  settings.json 快照迁移与封面部署脚本。
- Tool Search 改为读取 my-pi/tool-search/config.json（源为
  config/tool-search.json，须与 BUNDLE_TOOL_SEARCH_DEFAULTS 一致），
  不再读写 settings.json 的 toolSearch 段，移除 bundleDefaultsVersion。
- 默认权限策略开启 debugLog。
- 旧位置的残留文件不迁移、不清理；AGENTS.md / README 同步新约束。

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Co-Authored-By: Devin <158243242+devin-ai-integration[bot]@users.noreply.github.com>

extensions/system-prompt-cover-config.ts

@@ -1,8 +1,8 @@
 import { readFileSync } from "node:fs";
 import { join } from "node:path";
 
-/** File name of the bundle-managed system prompt cover inside the agent directory. */
-export const COVER_FILE_NAME = "SYSTEM_COVER.md";
+/** File name of the bundle-managed system prompt cover inside `<agentDir>/my-pi/`. */
+export const COVER_FILE_NAME = "system-prompt-cover.md";
 
 /**
  * Matches the newline-delimited boundary before the first top-level prompt section.
@@ -14,9 +14,9 @@ export const COVER_FILE_NAME = "SYSTEM_COVER.md";
  */
 const FIRST_SECTION_BOUNDARY = /\n<[a-z][a-z0-9_-]*>\n/;
 
-/** Resolve the cover path inside a given agent directory. */
+/** Resolve the cover path inside a given agent directory's bundle-owned `my-pi/` tree. */
 export function resolveCoverPath(agentDir: string): string {
-	return join(agentDir, COVER_FILE_NAME);
+	return join(agentDir, "my-pi", COVER_FILE_NAME);
 }
 
 /**