feat: 组合包配置集中到 my-pi/ 目录并改为整体重建

- 组合包拥有、可随时重建的配置、日志与缓存统一放在
  <agentDir>/my-pi/：permission-system/（policy.jsonc、hard-guards.jsonc、
  logs/）、rtk-optimizer/config.json、tool-search/（config.json、
  catalog-v1.json）与 system-prompt-cover.md。hashline.json、lsp.json
  由外部扩展读取固定路径，是唯一例外。
- 新增 config/bundle-manifest.json 与 scripts/rebuild-bundle-config.mjs：
  先校验全部来源与目标，在临时目录构建完整树，再整体删除旧 my-pi/
  （符号链接只删链接）并原子替换，不备份。install.sh / update.sh 每次
  运行都调用它；扩展自身不再播种或迁移配置。
- update.sh 删除 pi update 失败后的 git clean 恢复逻辑：Pi 1.3.0 会在
  下一次 pi update 时依据中断标记自行恢复。同时删除 Tool Search
  settings.json 快照迁移与封面部署脚本。
- Tool Search 改为读取 my-pi/tool-search/config.json（源为
  config/tool-search.json，须与 BUNDLE_TOOL_SEARCH_DEFAULTS 一致），
  不再读写 settings.json 的 toolSearch 段，移除 bundleDefaultsVersion。
- 默认权限策略开启 debugLog。
- 旧位置的残留文件不迁移、不清理；AGENTS.md / README 同步新约束。

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Co-Authored-By: Devin <158243242+devin-ai-integration[bot]@users.noreply.github.com>

extensions/system-prompt-cover.ts

@@ -8,7 +8,7 @@ export { COVER_FILE_NAME, readCoverFile, resolveCoverPath, spliceCover } from ".
  * Replaces Pi's default system prompt preamble with the bundle-managed cover while
  * preserving every other prompt section in its original position.
  *
- * The cover is read on each `before_agent_start`, so edits to `SYSTEM_COVER.md` take
+ * The cover is read on each `before_agent_start`, so edits to `system-prompt-cover.md` take
  * effect on the next turn of an already-running session rather than requiring a restart.
  *
  * Returning `systemPrompt` sets Pi's `forceSystemPrompt`, which is projected onto the