feat: 组合包配置集中到 my-pi/ 目录并改为整体重建

- 组合包拥有、可随时重建的配置、日志与缓存统一放在
  <agentDir>/my-pi/：permission-system/（policy.jsonc、hard-guards.jsonc、
  logs/）、rtk-optimizer/config.json、tool-search/（config.json、
  catalog-v1.json）与 system-prompt-cover.md。hashline.json、lsp.json
  由外部扩展读取固定路径，是唯一例外。
- 新增 config/bundle-manifest.json 与 scripts/rebuild-bundle-config.mjs：
  先校验全部来源与目标，在临时目录构建完整树，再整体删除旧 my-pi/
  （符号链接只删链接）并原子替换，不备份。install.sh / update.sh 每次
  运行都调用它；扩展自身不再播种或迁移配置。
- update.sh 删除 pi update 失败后的 git clean 恢复逻辑：Pi 1.3.0 会在
  下一次 pi update 时依据中断标记自行恢复。同时删除 Tool Search
  settings.json 快照迁移与封面部署脚本。
- Tool Search 改为读取 my-pi/tool-search/config.json（源为
  config/tool-search.json，须与 BUNDLE_TOOL_SEARCH_DEFAULTS 一致），
  不再读写 settings.json 的 toolSearch 段，移除 bundleDefaultsVersion。
- 默认权限策略开启 debugLog。
- 旧位置的残留文件不迁移、不清理；AGENTS.md / README 同步新约束。

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install.sh

@@ -75,28 +75,26 @@ resolve_agent_dir() {
 	printf '%s\n' "$HOME/.pi/agent"
 }
 
-# 部署组合包权威的系统提示词封面；脚本目录内的组合包副本即为来源。
-deploy_system_prompt_cover() {
-	cover_helper=$SCRIPT_DIR/scripts/deploy-system-prompt-cover.mjs
-	if [ ! -f "$cover_helper" ]; then
-		warn "找不到 SYSTEM_COVER.md 部署辅助脚本，已跳过封面部署。"
+# 整体删除并重建组合包拥有的 <agentDir>/my-pi/ 配置目录；脚本目录内的组合包副本即为来源。
+rebuild_bundle_config() {
+	rebuild_helper=$SCRIPT_DIR/scripts/rebuild-bundle-config.mjs
+	if [ ! -f "$rebuild_helper" ]; then
+		warn "找不到组合包配置重建辅助脚本，已跳过配置重建。"
 		return 1
 	fi
 	if ! command -v node >/dev/null 2>&1; then
-		warn "找不到 node，无法部署 SYSTEM_COVER.md；Pi 将使用默认系统提示词封面。"
+		warn "找不到 node，无法重建组合包配置目录。"
 		return 1
 	fi
-	cover_agent_dir=$(resolve_agent_dir) || return 1
-	cover_status=$(node "$cover_helper" "$cover_agent_dir" 2>&1) || {
-		warn "SYSTEM_COVER.md 部署失败：$cover_status"
+	rebuild_agent_dir=$(resolve_agent_dir) || return 1
+	rebuild_status=$(node "$rebuild_helper" "$rebuild_agent_dir" 2>&1) || {
+		warn "组合包配置目录重建失败：$rebuild_status"
 		return 1
 	}
-	case $cover_status in
-		created) say "✓ 已部署系统提示词封面：$cover_agent_dir/SYSTEM_COVER.md" ;;
-		updated) say "✓ 已同步系统提示词封面到组合包当前版本。" ;;
-		current) say "✓ 系统提示词封面已是当前组合包版本。" ;;
+	case $rebuild_status in
+		rebuilt:*) say "✓ 已重建组合包配置目录：${rebuild_status#rebuilt:}" ;;
 		*)
-			warn "SYSTEM_COVER.md 部署返回未知状态：$cover_status"
+			warn "组合包配置重建返回未知状态：$rebuild_status"
 			return 1
 			;;
 	esac
@@ -373,7 +371,7 @@ fi
 
 say "Pi 组合包安装完成，开始部署受管配置。"
 
-deploy_system_prompt_cover || record_install_failure "SYSTEM_COVER.md"
+rebuild_bundle_config || record_install_failure "组合包配置重建"
 
 say "开始检查终端环境和机器级 CLI 依赖。"