feat: 组合包配置集中到 my-pi/ 目录并改为整体重建

- 组合包拥有、可随时重建的配置、日志与缓存统一放在
  <agentDir>/my-pi/：permission-system/（policy.jsonc、hard-guards.jsonc、
  logs/）、rtk-optimizer/config.json、tool-search/（config.json、
  catalog-v1.json）与 system-prompt-cover.md。hashline.json、lsp.json
  由外部扩展读取固定路径，是唯一例外。
- 新增 config/bundle-manifest.json 与 scripts/rebuild-bundle-config.mjs：
  先校验全部来源与目标，在临时目录构建完整树，再整体删除旧 my-pi/
  （符号链接只删链接）并原子替换，不备份。install.sh / update.sh 每次
  运行都调用它；扩展自身不再播种或迁移配置。
- update.sh 删除 pi update 失败后的 git clean 恢复逻辑：Pi 1.3.0 会在
  下一次 pi update 时依据中断标记自行恢复。同时删除 Tool Search
  settings.json 快照迁移与封面部署脚本。
- Tool Search 改为读取 my-pi/tool-search/config.json（源为
  config/tool-search.json，须与 BUNDLE_TOOL_SEARCH_DEFAULTS 一致），
  不再读写 settings.json 的 toolSearch 段，移除 bundleDefaultsVersion。
- 默认权限策略开启 debugLog。
- 旧位置的残留文件不迁移、不清理；AGENTS.md / README 同步新约束。

Generated with [Devin](https://devin.ai)

Co-Authored-By: Devin <158243242+devin-ai-integration[bot]@users.noreply.github.com>

pi-permission-system/test/config-paths.test.ts

@@ -10,15 +10,15 @@ import {
 describe("config-paths", () => {
   const agentDir = "/home/user/.pi/agent";
 
-  it("places the global policy at extensions/pi-permission-system/policy.jsonc under the agent dir", () => {
+  it("places the global policy at my-pi/permission-system/policy.jsonc under the agent dir", () => {
     expect(getGlobalConfigPath(agentDir)).toBe(
-      join(agentDir, "extensions", "pi-permission-system", "policy.jsonc"),
+      join(agentDir, "my-pi", "permission-system", "policy.jsonc"),
     );
   });
 
   it("places logs next to the global config dir", () => {
     expect(getGlobalLogsDir(agentDir)).toBe(
-      join(agentDir, "extensions", "pi-permission-system", "logs"),
+      join(agentDir, "my-pi", "permission-system", "logs"),
     );
   });