feat: 组合包配置集中到 my-pi/ 目录并改为整体重建

- 组合包拥有、可随时重建的配置、日志与缓存统一放在
  <agentDir>/my-pi/：permission-system/（policy.jsonc、hard-guards.jsonc、
  logs/）、rtk-optimizer/config.json、tool-search/（config.json、
  catalog-v1.json）与 system-prompt-cover.md。hashline.json、lsp.json
  由外部扩展读取固定路径，是唯一例外。
- 新增 config/bundle-manifest.json 与 scripts/rebuild-bundle-config.mjs：
  先校验全部来源与目标，在临时目录构建完整树，再整体删除旧 my-pi/
  （符号链接只删链接）并原子替换，不备份。install.sh / update.sh 每次
  运行都调用它；扩展自身不再播种或迁移配置。
- update.sh 删除 pi update 失败后的 git clean 恢复逻辑：Pi 1.3.0 会在
  下一次 pi update 时依据中断标记自行恢复。同时删除 Tool Search
  settings.json 快照迁移与封面部署脚本。
- Tool Search 改为读取 my-pi/tool-search/config.json（源为
  config/tool-search.json，须与 BUNDLE_TOOL_SEARCH_DEFAULTS 一致），
  不再读写 settings.json 的 toolSearch 段，移除 bundleDefaultsVersion。
- 默认权限策略开启 debugLog。
- 旧位置的残留文件不迁移、不清理；AGENTS.md / README 同步新约束。

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pi-tool-search/extensions/index.ts

@@ -6,7 +6,6 @@
  */
 import { randomUUID } from "node:crypto";
 import { unlinkSync } from "node:fs";
-import { join } from "node:path";
 
 import { getAgentDir, type ExtensionAPI, type ExtensionContext, type ToolInfo } from "@earendil-works/pi-coding-agent";
 import { Type } from "typebox";
@@ -29,7 +28,7 @@ import {
   createBundleCatalog,
   type BundleCatalogResult,
 } from "./bundle-groups.ts";
-import { ensureToolSearchDefaults, readToolSearchConfig } from "./config.ts";
+import { getToolSearchCatalogPath, readToolSearchConfig } from "./config.ts";
 
 const TOOL_SEARCH_NAME = "tool_search";
 const POWERSHELL_TOOL_NAME = "powershell";
@@ -113,11 +112,7 @@ function groupDescription(catalog: ToolCatalog, source: CatalogSource): string {
 
 export default function toolSearchExtension(pi: ExtensionAPI): void {
   const agentDir = getAgentDir();
-  const cachePath = join(agentDir, "tool-search", "catalog-v1.json");
-  const defaultResult = ensureToolSearchDefaults(agentDir);
-  if (defaultResult === "skipped-invalid") {
-    console.warn("my-pi: skipped pi-tool-search defaults because settings.json or toolSearch is invalid");
-  }
+  const cachePath = getToolSearchCatalogPath(agentDir);
 
   let config = readToolSearchConfig(agentDir);
   let tools: ToolInfo[] = [];