fix: route Exa and CodeGraph through shared mcp adapter

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 - `extensions/fff-override.ts`：强制使用 FFF 官方 `override` 模式，统一接管 `find`、`grep`、`multi_grep` 和 FFF 的 `@` 补全；显式 CLI flag 仍遵循 FFF 官方优先级。
 - `extensions/tavily-override.ts`：加载 `@tavily/pi-extension`，把上游工具重命名为 `tavily_web_search` / `tavily_web_fetch`，并同步改写 label 与工具提示中的内部名称。
 - `@keenable/pi-search`：加载 `keenable_search` / `keenable_fetch` 及其 skill，默认 keyless，`KEENABLE_API_KEY` 仅用于提高速率限制。
-- `extensions/exa.ts`：通过隔离的 `pi-mcp-adapter` 配置连接 Exa 托管 MCP，把原始工具名映射为统一的来源前缀形式 `exa_web_search`、`exa_web_fetch` 和 `exa_web_search_advanced`。
+- `extensions/mcp.ts`：通过单个共享 `pi-mcp-adapter` 实例同时连接 Exa 托管 MCP 与机器现有的 `codegraph serve --mcp`，避免重复注册 Pi 的全局 MCP flag 与命令；Exa 原始工具映射为统一的来源前缀形式 `exa_web_search`、`exa_web_fetch` 和 `exa_web_search_advanced`，CodeGraph 只暴露 `codegraph_explore`。
 - `context-mode`：加载上游 Pi adapter 与 skills，提供 `ctx_*` 工具、隔离式大输出处理和会话连续性。
 - `extensions/hashline.ts`：部署组合包权威 `config/pi-hashline-edit.json` 后加载 `pi-hashline-edit`，以行哈希锚点覆盖内置 `read` / `edit`；Hashline 自带 `grep` 强制关闭。
-- `extensions/codegraph.ts`：通过隔离的 `pi-mcp-adapter` 配置连接机器现有的 `codegraph serve --mcp`，只暴露 `codegraph_explore`。
 - `extensions/permission-system.ts`：在权限扩展注册前，将 `config/pi-permission-system.json` 同步为全局权威配置。
 - `extensions/lsp.ts`：把组合包内 TypeScript Language Server CLI 物化为绝对命令路径，部署 TypeScript/Kotlin/JDT LS 全局配置并加载 `pi-lsp`。
 - `extensions/tool-routing.ts`：保留 Pi 默认系统提示词，在每轮开始前按激活工具追加简短路由规则，并提供 `/dump-system-prompt` 将扩展所见的有效提示词写入 `.pi-debug/effective-system-prompt.md`。