feat: codegraph_explore 改为原生 CLI 工具并移除 /plugin_init

codegraph 有一等公民 CLI 且上游保证其输出与 codegraph_explore MCP
工具一致，走共享 MCP adapter 只是多余的传输层。改为原生 Pi 工具后
每次调用以短命 codegraph explore 进程完成，去掉常驻 server/daemon；
未初始化项目经 ctx.ui.confirm 确认后 init 并自动重试，拒绝或失败时
打回并引导模型回退 find/grep/read/LSP；结果按 codegraph.db mtime
做有界缓存，索引一变即失效。共享 MCP adapter 只保留 Exa；工具名
不变，权限策略、Tool Search 常驻表、路由规则与分组不受影响。

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AGENTS.md

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 - `extensions/tavily-override.ts`：加载 `@tavily/pi-extension`，把上游工具重命名为 `tavily_web_search` / `tavily_web_fetch`，并同步改写 label 与工具提示中的内部名称。
 - `@keenable/pi-search`：加载 `keenable_search` / `keenable_fetch` 及其 skill，默认 keyless，`KEENABLE_API_KEY` 仅用于提高速率限制。
 - `search_config.sh` 与 `extensions/search-config.ts`：以交互式或参数方式把三家搜索 key 写入用户级 `search.env`（权限 `600`），并在搜索扩展初始化前加载；显式进程环境变量优先。
-- `extensions/mcp.ts`：通过单个共享 `pi-mcp-adapter` 实例同时连接 Exa 托管 MCP 与机器现有的 `codegraph serve --mcp`，避免重复注册 Pi 的全局 MCP flag 与命令；Exa key 只通过 `x-api-key` 请求头发送，原始工具映射为统一的来源前缀形式，CodeGraph 只暴露 `codegraph_explore`。
-- `extensions/plugin-init.ts`：注册用户显式触发的 `/plugin_init`，在确认当前项目后只初始化缺失的 CodeGraph 状态，并在全部成功后调用 Pi 官方热重载。
+- `extensions/mcp.ts`：通过单个共享 `pi-mcp-adapter` 实例连接 Exa 托管 MCP，避免重复注册 Pi 的全局 MCP flag 与命令；Exa key 只通过 `x-api-key` 请求头发送，原始工具映射为统一的来源前缀形式。CodeGraph 不走 MCP。
+- `extensions/codegraph.ts`：注册原生 `codegraph_explore` 工具，以 `execFile` argv 形式调用机器级 `codegraph` CLI（每次调用为短命进程，无常驻 server/daemon）；未初始化项目先经 `ctx.ui.confirm` 确认再 `codegraph init` 并自动重试，拒绝或失败则把结果打回让模型改用 `find`/`grep`/`read`/LSP；结果按 `codegraph.db` mtime 做有界缓存，索引一变即失效。
+- `extensions/plugin-init.ts`：已移除；原 `/plugin_init` 的 CodeGraph 初始化职责由 `extensions/codegraph.ts` 在首次 `codegraph_explore` 调用内按需确认完成。
 - `context-mode`：加载上游 Pi adapter 与 skills，提供 `ctx_*` 工具、隔离式大输出处理和会话连续性。
 - `extensions/hashline.ts`：部署组合包权威 `config/pi-hashline-edit.json` 后加载 `pi-hashline-edit`，以行哈希锚点覆盖内置 `read` / `edit`；Hashline 自带 `grep` 强制关闭。
 - `extensions/permission-system.ts`：直接加载仓库内 `pi-permission-system/src/index.ts`，自身不部署、不播种、不迁移任何配置。`config/pi-permission-policy.jsonc` / `config/pi-permission-hard-guards.jsonc` 由 `install.sh` / `update.sh` 经 `scripts/rebuild-bundle-config.mjs` 部署到 `<agentDir>/my-pi/permission-system/`（policy.jsonc 与 hard-guards.jsonc 且权限 owner-only）；旧 `extensions/pi-permission-system/` 位置的残留文件被忽略，不迁移也不清理。项目级 policy 不读取。
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 - Tool Search 必须直接使用当前 `@earendil-works/pi-coding-agent`、`typebox`、`ModelRegistry.complete()` 和 `setActiveTools()`；首次纯增加载使用当前 Pi 的增量结果传播，LRU 替换允许走宿主安全 fallback。不得安装或映射旧 `@mariozechner` runtime，不得恢复 provider payload 改写、代理分发或隐藏 `sendMessage` steer/retry 兼容循环。Tool Search 是唯一可调用 `getActiveTools()` / `setActiveTools()` 管理工具显隐的组合包扩展；`pi-permission-system` 只能在调用时裁决，不能读写 active tool 列表。
 - `pi-worktree` 只注册 `/wt` / `/worktree` 斜杠命令，不暴露任何模型可调用工具；其 git 操作由用户显式触发，经 `execFile` argv 直接调用（带超时、不经 shell），按设计绕过 Bash 工具权限策略，不新增权限审批层。
 - `.pi-debug/` 是 `/dump-system-prompt` 生成的本地诊断目录，不提交到仓库，也不作为组合包运行时配置源。
-- CodeGraph MCP 扩展只配置 Pi 到外部 `codegraph` 命令的连接。根包安装本身不安装 CodeGraph；便捷脚本仅在组合包安装完成且用户明确选择 `Y` 后调用官方安装器。安装、升级和普通启动流程不得执行 `codegraph init`；只有用户在目标项目显式调用 `/plugin_init` 并确认后，命令才可以 `.codegraph/codegraph.db` 为权威标志初始化缺失状态。命令必须先预检 CLI，失败不得热重载，也不得隐瞒此前已完成的部分初始化；不得改动 CodeGraph 更新或遥测设置。
-- CodeGraph MCP 使用 `keep-alive` 并只直接暴露 `codegraph_explore`；命令缺失、项目未初始化或连接失败时不得阻止其他扩展加载。
+- CodeGraph 是机器级依赖：`install.sh`/`update.sh` 经官方安装器管理 `codegraph` CLI，组合包不内置其运行时。安装、升级和普通启动流程不得执行 `codegraph init`；只有 `codegraph_explore` 在未初始化项目上被调用、且用户在 `ctx.ui.confirm` 中明确确认后，扩展才可以 `codegraph init` 当前目录。init 失败必须如实报告并让模型回退内置工具；不得改动 CodeGraph 更新或遥测设置。
+- `codegraph_explore` 为原生 Pi 工具而非 MCP 工具：每次调用通过 `execFile`/`pi.exec` 以 argv 形式运行 `codegraph explore`（带超时、不经 shell），结果按 `.codegraph/codegraph.db` mtime 缓存；CLI 缺失、init 被拒绝或执行失败都不得抛出或阻止其他工具，必须以文本结果打回并引导模型改用 `find`/`grep`/`read`/LSP。
 - 所有 MCP 服务必须合并到 `extensions/mcp.ts` 创建的唯一 `pi-mcp-adapter` 实例；不得新增独立 adapter 扩展入口，否则会重复注册 `--mcp-config`、`/mcp` 等全局接口。根测试必须扫描全部本地扩展入口并强制这一不变量。
 - Exa MCP 使用托管 Streamable HTTP 端点和 `eager` lifecycle；`EXA_API_KEY` 通过 `x-api-key` 请求头发送，不得放入 URL、仓库文件或日志。所有在线搜索工具统一采用“来源名 + 原始语义工具名”的命名形式，例如 `tavily_web_search`、`exa_web_search`、`keenable_search`。Exa 高级搜索必须显式约束结果数量和文本长度；Tavily 输出默认控制 `max_results` 且非必要不请求 raw content；Keenable 优先利用中文、站点和日期筛选能力。
 - 搜索 key 默认保存在 `${XDG_CONFIG_HOME:-$HOME/.config}/my-pi/search.env`，文件必须为 `600` 且不得提交；`search_config.sh` 只输出配置状态，禁止回显 key。