feat: codegraph_explore 改为原生 CLI 工具并移除 /plugin_init

codegraph 有一等公民 CLI 且上游保证其输出与 codegraph_explore MCP
工具一致，走共享 MCP adapter 只是多余的传输层。改为原生 Pi 工具后
每次调用以短命 codegraph explore 进程完成，去掉常驻 server/daemon；
未初始化项目经 ctx.ui.confirm 确认后 init 并自动重试，拒绝或失败时
打回并引导模型回退 find/grep/read/LSP；结果按 codegraph.db mtime
做有界缓存，索引一变即失效。共享 MCP adapter 只保留 Exa；工具名
不变，权限策略、Tool Search 常驻表、路由规则与分组不受影响。

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package.json

@@ -53,7 +53,7 @@
       "./extensions/tavily-override.ts",
       "./node_modules/@keenable/pi-search/src/index.ts",
       "./extensions/mcp.ts",
-      "./extensions/plugin-init.ts",
+      "./extensions/codegraph.ts",
       "./pi-rtk-optimizer/index.ts",
       "./extensions/hashline.ts",
       "./node_modules/context-mode/build/adapters/pi/extension.js",