feat: add lsp and auto-permissions stack

AGENTS.md

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 - `context-mode`：加载上游 Pi adapter 与 skills，提供 `ctx_*` 工具、隔离式大输出处理和会话连续性。
 - `extensions/codegraph.ts`：通过隔离的 `pi-mcp-adapter` 配置连接机器现有的 `codegraph serve --mcp`，只暴露 `codegraph_explore`。
 - `extensions/permission-system.ts`：在权限扩展注册前，将 `config/pi-permission-system.json` 同步为全局权威配置。
+- `extensions/lsp.ts`：部署 Kotlin/JDT LS 全局配置并加载 `pi-lsp`。
+- `extensions/auto-permissions.ts`：部署 contextual Bash guardian 规则并加载 `pi-auto-permissions`。
+- `pi-lsp@0.1.7`：提供声明式 LSP 接入；组合包配置 `kotlin-lsp --stdio` 与 `jdtls`。
+- `pi-hermes-memory@0.9.6`：提供持久记忆、会话搜索、后台学习和 secret scanning，默认使用 policy-only 模式。
+- `@ogulcancelik/pi-auto-permissions@0.1.3`：根据当前对话复核配置命中的 Bash 命令，不是全工具审批层。
+- `@ogulcancelik/pi-codex-compaction@0.1.3`：为 `openai-codex` 提供原生远程 compaction，默认阈值为 90%。
 - 根包还固定安装 `pi-context-view`、`@firstpick/pi-extension-codex-fast-mode` 和 `@gotgenes/pi-permission-system`。
 
 ## 当前职责与默认行为
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 - CodeGraph MCP 使用 `keep-alive` 并只直接暴露 `codegraph_explore`；命令缺失、项目未初始化或连接失败时不得阻止其他扩展加载。
 - `pi-context-view` 只观察上下文占用，不参与压缩策略。
 - Codex fast mode 只为符合条件的 `openai-codex-responses` 请求设置 priority service tier，由 `/fast-mode` 在会话内控制。
-- 权限策略默认允许常规工具，允许 FFF 工具；拒绝 Bash 直搜，敏感凭据路径拒绝，外部目录、Git 写操作、破坏性系统操作、网络和安装操作询问。
+- 权限策略默认允许常规工具，允许 FFF 工具；拒绝 Bash 直搜和敏感凭据路径，外部目录、文件/系统/网络高风险操作与普通 MCP 调用由 `pi-permission-system` 询问。
+- `pi-auto-permissions` 不是 Codex 式全工具审批层：它只监听 `bash` 及名称以 `.bash` 结尾的工具，只复核自身 `config.json` 中正则命中的命令；它不处理 `read`、`write`、`edit`、MCP、Skill、路径或外部目录权限，也不接收或批准 `pi-permission-system` 产生的 `ask`。
+- 两个权限扩展是彼此独立的 `tool_call` gate。若同一 Bash 命令同时命中 Auto Permissions 规则和 `pi-permission-system` 的 `ask`，会依次经过两层审批，而不是把旧系统的请求转交给 guardian；配置时不得为同一 Bash 类别重复设置审批。
+- 当前只把 Git 非只读操作和包管理类 Bash 命令交给 `pi-auto-permissions` 根据用户上下文复核。低风险操作可自动允许；中风险操作仅在用户明确授权目标与约束时自动允许；高风险操作即使已有概括授权也必须回到用户确认。文件/系统/网络高风险操作继续由现有解析能力更强的 `pi-permission-system` 处理。
+- 将 Auto Permissions 规则配置为 `.*` 最多只能复核所有 Bash 命令，不能覆盖其他工具，并会为普通 Bash 调用增加额外模型请求、延迟和成本。若未来目标是让现有所有 `ask` 先经模型裁决，必须另行实现 `pi-permission-system` authorizer 集成，不能仅靠该 npm 包配置实现。
+- `pi-lsp` 使用组合包部署的 `kotlin-lsp --stdio` 与 `jdtls` 配置，但不安装这两个系统可执行文件。
+- Codex 远程压缩只对 `openai-codex` 生效，默认在 turn boundary 达到 90% 时触发；Hermes Memory 默认使用 policy-only 模式。
 
 ## 修改边界
 
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 - 保留原项目的 `LICENSE`、版权信息和必要的来源说明。
 - 扩展运行目录中的 `config.json`、日志、构建产物、覆盖率目录和依赖目录属于本地状态，不应提交；`config/pi-permission-system.json` 是组合包的权威源配置，必须提交并维护。
 - 外部 Pi 扩展依赖必须在根 `package.json` 中使用精确版本，并更新根 `package-lock.json`；不要用仓库级 `.pi/settings.json` 代替组合包依赖。
+- 需要原生构建的依赖只按锁定版本加入根 `allowScripts`；当前仅允许 Hermes Memory 所需的 `better-sqlite3`，不得批量批准其他 install scripts。
 - Pi 核心包只作为宿主 peer dependencies，不得在组合包内再安装或打包一套 Pi runtime；保留根 `.npmrc` 的 peer 安装策略。
 - 上游仅作为参考来源。同步上游改动时先核对本仓库已有修改，再按明确范围移植；不要直接覆盖本地实现。
 - 未经明确要求，不执行发布、提交、推送或安装到用户 Pi 运行目录等外部写操作。