chore: 清理 pi-mcp-adapter 移除后的陈旧引用

Pi 0.99+ 已内置 MCP（builtin:mcp），组合包不再加载 adapter；
删除引用不存在 mcp 工具的 mcp-management 分组，并把权限文档
中的 MCP 表述澄清为内置 mcp__<server>__<tool> 命名。

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README.md

@@ -171,7 +171,7 @@ CodeGraph 的更新或遥测设置。
 
 本地源码直接使用 `@earendil-works/pi-coding-agent`、当前 `typebox`、`ModelRegistry.complete()` 与 `setActiveTools()`，不安装、别名映射或加载旧 `@mariozechner` runtime，也不使用 provider payload 改写、代理执行或隐藏 `sendMessage` 循环。
 
-新 session 默认常驻 Pi 核心 `read`、`write`、`edit`、`bash`、`grep`、`find`，以及 `codegraph_explore`、`lsp_diagnostics`、`ctx_execute`、`ctx_execute_file`、`ctx_batch_execute` 和 `tool_search`；Windows 上额外把内置 `powershell` 与 `bash` 作为同类本地 Shell 核心工具固定启用，非 Windows 平台则从目录中过滤它。组合包在 `pi-tool-search/extensions/bundle-groups.ts` 中为自身暴露的工具预置权威分组，包括本地文件导航、SSH 远端文件/命令、Chrome 导航/交互/调试、用户交互、CodeGraph/LSP、Tavily、Exa、Keenable、Context Mode 执行/知识库/观测/管理、Memory 查询/维护、Skill 和 MCP 管理。不可用、已固定或尚未授权而未注册的可选工具会自动从动态组中滤除。
+新 session 默认常驻 Pi 核心 `read`、`write`、`edit`、`bash`、`grep`、`find`，以及 `codegraph_explore`、`lsp_diagnostics`、`ctx_execute`、`ctx_execute_file`、`ctx_batch_execute` 和 `tool_search`；Windows 上额外把内置 `powershell` 与 `bash` 作为同类本地 Shell 核心工具固定启用，非 Windows 平台则从目录中过滤它。组合包在 `pi-tool-search/extensions/bundle-groups.ts` 中为自身暴露的工具预置权威分组，包括本地文件导航、SSH 远端文件/命令、Chrome 导航/交互/调试、用户交互、CodeGraph/LSP、Tavily、Exa、Keenable、Context Mode 执行/知识库/观测/管理、Memory 查询/维护与 Skill 管理。不可用、已固定或尚未授权而未注册的可选工具会自动从动态组中滤除。
 
 标准组合包的全部隐藏工具都能命中预置目录，因此首次使用不调用模型、不生成用户缓存，也不把完整隐藏 schema 发送给 provider。只有用户另外安装了未识别工具，并且当前调用不是精确加载已有分组时，才可使用当前已认证模型补充目录；精确已有分组始终立即按当前确定性目录激活，不等待无关未知工具的模型增强。模型结果必须保留组合包预置分组，否则直接拒绝。有效增强缓存以 `0600` 写到 agent 目录的 `my-pi/tool-search/catalog-v1.json`，调用用量计入工具结果。用户 `groupOverrides` 的优先级高于预置目录；`/tool-search-rebuild` 会恢复预置目录，`/tool-search-status` 显示目录来源、容量、LRU 顺序和最近淘汰原因。