chore: 清理 pi-mcp-adapter 移除后的陈旧引用

Pi 0.99+ 已内置 MCP（builtin:mcp），组合包不再加载 adapter；
删除引用不存在 mcp 工具的 mcp-management 分组，并把权限文档
中的 MCP 表述澄清为内置 mcp__<server>__<tool> 命名。

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AGENTS.md

@@ -99,7 +99,7 @@
 - Codex native compaction 必须直接消费当前 projection 生成的 ResponseItems，不得从 raw branch 重建输入；native checkpoint 同时保存有界 portable summary 供模型或 Provider 切换。配置只从 `settings.json.piCompaction` 读取且不写回，默认 soft/hard/target 比例为 72%/90%/55%。
 - Kitty 完成通知只在 TUI 模式的 `agent_settled` 后发送；自动重试、自动 compaction 和 follow-up 期间不得提前通知或重置总耗时。权限通知只订阅 `permissions:ui_prompt`，在人类确认界面即将出现时立即发送，不得为策略或 AutoReview 已直接决定的请求通知，也不受完成通知时长门槛影响。默认 `o=always`、`a=focus`，每个 Pi Session 使用独立稳定 ID，标题和正文必须 Base64 编码。
 - `/notify on|off` 只覆盖当前 Session；持久默认来自 `PI_NOTIFY_*` 环境变量。`PI_NOTIFY_MESSAGE_SOURCE=none` 必须继续提供不泄露回复正文、权限值或请求者细节的隐私模式，非 TUI 模式不得写入 OSC 序列。
-- 权限策略默认允许常规工具，允许 FFF 工具；拒绝 Bash 直搜，硬防御默认只保留确定性的破坏性 Shell 命令；Git 非只读操作、包管理、文件/系统/网络高风险操作与普通 MCP 调用按唯一全局 policy 判定。项目外路径不再产生独立 `external_directory` 判断，只走配置中的工具、`path` 与 Bash pattern。
+- 权限策略默认允许常规工具，允许 FFF 工具；拒绝 Bash 直搜，硬防御默认只保留确定性的破坏性 Shell 命令；Git 非只读操作、包管理、文件/系统/网络高风险操作与内置 MCP 的 `mcp__<server>__<tool>` 调用按唯一全局 policy 判定。项目外路径不再产生独立 `external_directory` 判断，只走配置中的工具、`path` 与 Bash pattern。
 - SSH 权限沿用同一条 `pi-permission-system` gate 与 `auto-review` authorizer chain：`ssh_connect`、`ssh_cd`、`ssh_read`、`ssh_write`、`ssh_edit`、`ssh_find`、`ssh_grep` 默认 `ask`；连接前的证据解析已导入 host ID 为非秘密 target、port 与请求/default cwd，AutoReview 只可依据用户直接消息中的明确目标授权连接。`ssh_bash` 通过 `shellTools` 映射到完整 Bash 策略并设置 `decisionFloor: "ask"`，把普通 Bash `allow` 提升为复核请求，同时保留原有 `ask` 与硬 `deny`。全部远端路径不得送入基于本机 cwd 的默认 `input.path` 归一化。
 - `auto-review` 是 `pi-permission-system` 内置 authorizer，不是独立扩展或第二个 `tool_call` gate；只复核普通策略产生的 `ask`，不会重复处理普通策略已 `allow` / `deny` 或硬防御已 `deny` 的请求。
 - reviewer 是对话式 Codex Guardian 风格审查：以独立请求（不写入主会话）把有界 active-branch 对话记录与权限请求交给模型，模型只能通过 `approve` / `reject` 两个工具给出带 `reason` 的结论，不强制 `toolChoice`。`approve` 自动批准（包括 `path`）；`reject` 以及配置、模型、超时、Provider 错误、截断、未调用工具、多次调用或参数无效等一切异常都必须 `defer` 到人工提示，并在弹窗中显示原因（模型理由标注为模型生成）。正文文本即使是合法 JSON 也不得作为结论；只有用户按 Esc 中止当前操作时才直接拒绝。不得在 authorizer chain 外增加第二层内置授权范围限制，也不得恢复 annotator 机制。
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 ## 验证
 
-组合包依赖或加载入口变化时，至少验证根 `npm install` 幂等、锁文件有效、MCP adapter 唯一所有者不变量测试，以及全部扩展可在隔离的临时 Pi agent 目录加载。权限配置变化时使用仓库内固定快照的 `pi-permission-system` schema 校验，并验证包装入口部署后的文件与仓库源配置一致。
+组合包依赖或加载入口变化时，至少验证根 `npm install` 幂等、锁文件有效，以及全部扩展可在隔离的临时 Pi agent 目录加载。权限配置变化时使用仓库内固定快照的 `pi-permission-system` schema 校验，并验证包装入口部署后的文件与仓库源配置一致。
 
 安装、升级、卸载、搜索或 SSH 配置脚本变化时，至少运行 `sh -n install.sh`、`sh -n update.sh`、`sh -n uninstall.sh`、`sh -n search_config.sh`、`sh -n ssh_config.sh` 和 ShellCheck，并核对脚本仍具有可执行权限、仍包含在根 `package.json` 的 `files` 中、README 描述与实际流程一致。组合包配置重建必须用隔离 agent dir 覆盖：`my-pi/` 全量替换且内容字节一致、权限 `600`/`700`、目录外文件不受影响、空或相对 agentDir 拒绝且不删除、manifest 目标越界拒绝且不删除、`my-pi/` 为符号链接时只替换链接且不触碰目标目录；`update.sh` 中 helper 无法定位时必须记录失败且不回退脚本目录。搜索配置测试只能使用虚拟 key 和隔离 HOME；SSH 配置测试必须使用隔离 HOME、虚拟凭据与 mock transport，不得连接真实服务器或把真实密码写入测试输出。涉及真实 `pi install`、`pi update`、`pi remove`、Homebrew、远程安装器、Git 克隆、真实 SSH 连接或真实用户终端配置的端到端验证属于外部写操作，未经明确要求不得执行；可以使用隔离的临时 HOME 和 mock 命令验证分支行为。
 

README.md

@@ -171,7 +171,7 @@ CodeGraph 的更新或遥测设置。
 
 本地源码直接使用 `@earendil-works/pi-coding-agent`、当前 `typebox`、`ModelRegistry.complete()` 与 `setActiveTools()`，不安装、别名映射或加载旧 `@mariozechner` runtime，也不使用 provider payload 改写、代理执行或隐藏 `sendMessage` 循环。
 
-新 session 默认常驻 Pi 核心 `read`、`write`、`edit`、`bash`、`grep`、`find`，以及 `codegraph_explore`、`lsp_diagnostics`、`ctx_execute`、`ctx_execute_file`、`ctx_batch_execute` 和 `tool_search`；Windows 上额外把内置 `powershell` 与 `bash` 作为同类本地 Shell 核心工具固定启用，非 Windows 平台则从目录中过滤它。组合包在 `pi-tool-search/extensions/bundle-groups.ts` 中为自身暴露的工具预置权威分组，包括本地文件导航、SSH 远端文件/命令、Chrome 导航/交互/调试、用户交互、CodeGraph/LSP、Tavily、Exa、Keenable、Context Mode 执行/知识库/观测/管理、Memory 查询/维护、Skill 和 MCP 管理。不可用、已固定或尚未授权而未注册的可选工具会自动从动态组中滤除。
+新 session 默认常驻 Pi 核心 `read`、`write`、`edit`、`bash`、`grep`、`find`，以及 `codegraph_explore`、`lsp_diagnostics`、`ctx_execute`、`ctx_execute_file`、`ctx_batch_execute` 和 `tool_search`；Windows 上额外把内置 `powershell` 与 `bash` 作为同类本地 Shell 核心工具固定启用，非 Windows 平台则从目录中过滤它。组合包在 `pi-tool-search/extensions/bundle-groups.ts` 中为自身暴露的工具预置权威分组，包括本地文件导航、SSH 远端文件/命令、Chrome 导航/交互/调试、用户交互、CodeGraph/LSP、Tavily、Exa、Keenable、Context Mode 执行/知识库/观测/管理、Memory 查询/维护与 Skill 管理。不可用、已固定或尚未授权而未注册的可选工具会自动从动态组中滤除。
 
 标准组合包的全部隐藏工具都能命中预置目录，因此首次使用不调用模型、不生成用户缓存，也不把完整隐藏 schema 发送给 provider。只有用户另外安装了未识别工具，并且当前调用不是精确加载已有分组时，才可使用当前已认证模型补充目录；精确已有分组始终立即按当前确定性目录激活，不等待无关未知工具的模型增强。模型结果必须保留组合包预置分组，否则直接拒绝。有效增强缓存以 `0600` 写到 agent 目录的 `my-pi/tool-search/catalog-v1.json`，调用用量计入工具结果。用户 `groupOverrides` 的优先级高于预置目录；`/tool-search-rebuild` 会恢复预置目录，`/tool-search-status` 显示目录来源、容量、LRU 顺序和最近淘汰原因。
 

pi-permission-system/README.md

@@ -69,7 +69,7 @@ pi install npm:@gotgenes/pi-permission-system
 3. Restart Pi or run `/reload`. Ordinary `ask` requests now reach AutoReview first; only `defer` opens the human dialog.
 
 The `path` surface is a cross-cutting gate that applies to **all** file access — Pi tools, bash commands, MCP calls, and extension tools alike.
-Extension and MCP tools that operate on paths (via `input.path`, MCP's `input.arguments.path`, or a registered access extractor) are gated by default, so a `path` deny cannot be overridden by a per-tool allow — making it the right place to protect sensitive files like `.env` or `~/.ssh/*` from every tool at once.
+Extension and MCP tools that operate on paths (via `input.path`, a unified `mcp` proxy tool's `input.arguments.path`, or a registered access extractor) are gated by default, so a `path` deny cannot be overridden by a per-tool allow — making it the right place to protect sensitive files like `.env` or `~/.ssh/*` from every tool at once.
 A `path` pattern matches both the path as the agent references it and its canonical (symlink-resolved) form, so a deny still fires when a symlink aliases a sensitive target.
 
 For per-tool path patterns (`read`, `write`, `edit`, `find`, `grep`, `ls`), patterns are matched against the file path from `input.path`.

pi-permission-system/docs/configuration.md

@@ -432,6 +432,8 @@ To deliberately opt into permissive bash, set `"bash": { "*": "allow" }` explici
 
 ### `mcp` Surface
 
+The `mcp` surface applies to a unified proxy tool named `mcp` (e.g. `pi-mcp-adapter`) whose input carries `tool`/`server`/`connect`/`describe`/`search` fields. Pi's built-in MCP (0.99+) instead exposes each server tool as a first-class `mcp__<server>__<tool>` tool — gate those with ordinary tool-name rules such as `"mcp__myServer__*": "ask"`, not this surface.
+
 MCP permissions match against derived targets from tool input:
 
 | Target type       | Examples                                                              |
@@ -486,7 +488,7 @@ Skill name patterns use `*` and `?` wildcards (note: surface is `skill`, not `sk
 
 ### `path` Surface
 
-Cross-cutting gate that applies to **all** file access — built-in Pi tools (`read`, `write`, `edit`, `find`, `grep`, `ls`), bash commands, MCP calls (via `input.arguments.path`), and extension tools (via `input.path` or a registered access extractor).
+Cross-cutting gate that applies to **all** file access — built-in Pi tools (`read`, `write`, `edit`, `find`, `grep`, `ls`), bash commands, `mcp` proxy calls (via `input.arguments.path`), and extension tools (via `input.path` or a registered access extractor).
 A `path` deny cannot be overridden by a per-tool allow.
 Extension and MCP path tools are gated by default — no registration needed — so a `path` deny protects sensitive files from every path-aware tool, not just the built-in six.
 

pi-permission-system/docs/troubleshooting.md

@@ -6,7 +6,7 @@
 | ----------------------------------------------------------------- | ----------------------------------------------------------------- | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |
 | Config not applied (everything asks)                              | File not found or parse error                                     | Verify the global policy at `~/.pi/agent/my-pi/permission-system/policy.jsonc` (respects `PI_CODING_AGENT_DIR`); check JSONC syntax |
 | Per-agent override not applied                                    | Frontmatter parsing issue                                         | Ensure `---` delimiters at file top; keep YAML simple; restart session                                                                            |
-| Tool blocked as unregistered                                      | Unknown tool name                                                 | Use a registered `mcp` tool for server tools: `{ "tool": "server:tool" }`                                                                         |
+| Tool blocked as unregistered                                      | Unknown tool name                                                 | Server tools arrive as `mcp__<server>__<tool>` under Pi's built-in MCP (check `/mcp`); a unified `mcp` proxy tool uses `{ "tool": "server:tool" }` |
 | `/skill:<name>` blocked                                           | Deny policy or confirmation unavailable                           | Check merged `skill` policy (global/project/agent layers). `ask` still requires UI or forwarded confirmation.                                     |
 | External file path blocked                                        | `external_directory` is `ask` without UI or `deny`                | Allow/ask the permission or keep file tools inside the active working directory.                                                                  |
 | Spurious external-path prompt for `cd <subdir> && grep … ../path` | Relative path was resolved against cwd instead of the `cd` target | Fixed in current version — paths after a leading `cd <subdir> &&` are resolved against the cd target, matching actual shell behavior.             |

pi-tool-search/README.md

@@ -44,7 +44,6 @@ Run `/tool-search-status` to inspect the current catalog source, pinned count, d
 | `chrome-navigation` | Chrome bridge setup, tabs, navigation, snapshots/find/inspect, waits, and screenshots |
 | `chrome-interaction` | Chrome click/type/fill/key/hover/drag/tap/scroll input |
 | `chrome-debugging` | Chrome page evaluation, console/network diagnostics, response retrieval, and file upload |
-| `mcp-management` | Shared MCP adapter management |
 
 Pinned tools are removed from these dynamic groups at runtime. The defaults pin `codegraph_explore`, `lsp_diagnostics`, the three high-frequency Context Mode execution tools, and all six Hermes memory tools, so none of them consume dynamic group or tool capacity.
 

pi-tool-search/extensions/bundle-groups.ts

@@ -184,15 +184,6 @@ export const BUNDLE_GROUP_DEFINITIONS: BundleGroupDefinition[] = [
     keywords: ["chrome", "browser", "console", "network", "javascript", "upload", "调试", "网络请求", "文件上传"],
     tools: ["chrome_evaluate", "chrome_list_console_messages", "chrome_list_network_requests", "chrome_get_network_request", "chrome_upload_file"],
   },
-  {
-    id: "mcp-management",
-    title: "MCP management",
-    summary: "Inspect and manage MCP server connections exposed by Pi's shared adapter.",
-    useWhen: ["The user explicitly asks about MCP server status or operations"],
-    avoidWhen: ["A mapped first-class MCP tool already handles the task"],
-    keywords: ["mcp", "server", "connection", "MCP 服务", "连接"],
-    tools: ["mcp"],
-  },
 ];
 
 export interface BundleCatalogResult {