fix: 根 files 改为子包运行时白名单，并删除过期提示词快照

整目录列入子包时，pi-subagents 上游 .npmignore 覆盖 .gitignore，导致
嵌套 node_modules（含第二套 Pi runtime）与 dist 被打包：64.9MB/19,570
文件降至 1.2MB/471 文件。新增 tests/package-files.test.ts 守护：无嵌套
node_modules/dist、扩展入口与 file: 依赖清单在包内、包内源码相对引用闭包。
同时删除无引用的 pi-default-system-prompt.md 旧快照（可用 /dump-system-prompt）。

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AGENTS.md

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 - 系统提示词单一所有权：`extensions/system-prompt.ts` 排在 `pi.extensions` 最后，是唯一允许在 `before_agent_start` 返回 `systemPrompt` 的扩展；其他扩展只能经 `systemPromptOptions.sections.<name>` 贡献分区，第三方扩展必须经 `extensions/` wrapper + `prompt-guard.ts` 加载，新增工具必须在 `config/prompt/tools.jsonc` 登记。宿主传入 `customPrompt`（子 Agent / SYSTEM.md）时不覆盖其开场白；子 Agent 有独立提示词画像 `config/prompt/subagent/`（preamble + 内置 Agent），判定规则与路由 scope/`subagentExclude` 细则见 `extensions/AGENTS.md`。
 - 加载顺序：`permission-system` → `subagents` → `pi-ssh` → `pi-chrome` → `pi-tool-search` → `system-prompt`（最后）；`pi-hermes-memory` 必须排在 `pi-compaction` 之前（`session_before_compact` 取消语义），`pi-compaction` 在 `pi-minimal-footer` 与 `context-view` 之前。
-- 依赖：外部依赖在根 `package.json` 用精确版本，自维护扩展一律 `file:` 本地依赖并更新锁文件；Pi 核心包只作 optional host peer，根 runtime deps 不含 Pi runtime，任何目录不得再装一套 Pi runtime；各子包用于测试的 `@earendil-works/*` devDependencies 一律写 `"latest"`，经 `scripts/update-pi-devdeps.sh` 统一刷新；原生构建依赖只按锁定版本进根 `allowScripts`（当前仅 `better-sqlite3@12.11.1`；pi-hermes-memory 的 `better-sqlite3@13` 用包内 N-API 预编译，不新增放行）。不要用仓库级 `.pi/settings.json` 代替组合包依赖。
+- 依赖：外部依赖在根 `package.json` 用精确版本，自维护扩展一律 `file:` 本地依赖并更新锁文件；Pi 核心包只作 optional host peer，根 runtime deps 不含 Pi runtime，任何目录不得再装一套 Pi runtime；各子包用于测试的 `@earendil-works/*` devDependencies 一律写 `"latest"`，经 `scripts/update-pi-devdeps.sh` 统一刷新；原生构建依赖只按锁定版本进根 `allowScripts`（当前仅 `better-sqlite3@12.11.1`；pi-hermes-memory 的 `better-sqlite3@13` 用包内 N-API 预编译，不新增放行）。不要用仓库级 `.pi/settings.json` 代替组合包依赖。根 `files` 对子包按运行时子路径白名单列出（源码、package.json、README/LICENSE/CHANGELOG/UPSTREAM），不得整目录列入，以免打入嵌套 node_modules、dist 和测试；由 `tests/package-files.test.ts` 守护。
 - 配置：`config/` 下全部文件是权威源、必须提交；不得读写 `settings.json` 自定义段、agent 目录独立配置文件或以环境变量作持久默认值；`config/` 只放机器无关值，路径类默认值在代码中运行时计算。`<agentDir>/my-pi/` 只放可丢弃运行时状态（日志、缓存），连同旧 `extensions/pi-permission-system/` 残留、构建产物与依赖目录都不提交；用户数据（记忆、会话、`auth.json` 等）不属于组合包配置，也不得放入该目录。
 - 组合包不加载任何 MCP adapter/SDK：Exa 与 CodeGraph 均用自有直连客户端。
 - 导入/同步上游：只从官方 Git 仓库的明确 tag/commit 取源码快照，禁止 npm tarball/缓存/`node_modules`/`dist/` 等预编译产物作导入源；保留上游 LICENSE、作者、测试与来源说明，移除嵌套 `.git`、`.pi` 状态、`node_modules` 与构建产物；同步前先核对本地改动再按明确范围移植，不得整体覆盖。各目录的维护约定见 `AGENTS.md`，每个自维护目录必须有中文 `UPSTREAM.md` 记录来源，上游原文文件不翻译不改写。