chore: Pi 开发依赖跟随最新版并去掉测试里的固定版本号

- pi-hermes-memory / pi-notify / pi-permission-system / pi-subagents 的
  @earendil-works/* devDependencies 改为 latest，pi-rtk-optimizer 放开
  peer 范围；各子包锁文件刷新到 Pi 1.3.0，测试改为验证当前宿主 API。
- 新增 scripts/update-pi-devdeps.sh，统一刷新根与子包锁文件中的 Pi 版本。
- pi-subagents 适配 Pi 1.3：mention clone 改走 systemPromptOverride、
  BOM frontmatter、e2e 读取规范化后的 system 消息与工具列表。
- 根测试不再写死 ssh2 / jiti / better-sqlite3 / context-mode 版本号，
  改为精确版本格式与锁文件一致性断言；新增 latest 约束测试。

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pi-subagents/test/nested-delegation-e2e.test.ts

@@ -26,6 +26,7 @@ import { loadCustomAgents } from "../src/custom-agents.js";
 import { encodeCwd } from "../src/output-file.js";
 import {
   agentCall,
+  contextToolNames,
   type FauxReply,
   type PrintModeRun,
   runPrintMode,
@@ -101,7 +102,7 @@ describe("nested delegation e2e (real pi-mono, faux model)", () => {
 
     const respond = (context: Context): FauxReply => {
       const text = firstUserText(context);
-      const names = (context.tools ?? []).map((t) => t.name);
+      const names = contextToolNames(context);
 
       // Leaf: no nested tools (it never opted in) — just answer.
       if (text.includes("Do the leaf work")) {