feat(codegraph): codegraph_explore 改为自有 stdio JSON-RPC 客户端直连 codegraph serve

一次性 `codegraph explore` CLI 不会同步索引，新增符号在手动 sync 前
无法被搜到。改为按索引根惰性启动常驻 `codegraph serve --mcp` 子进程，
由组合包自有的逐行 JSON-RPC 客户端（extensions/codegraph-client.ts，
不依赖 MCP adapter/SDK）收发，serve 内置文件监听自动同步索引，删除
mtime 结果缓存。子进程闲置 10 分钟或会话结束关闭，子进程死亡时透明
重试一次；用户拒绝初始化在会话内记住；用户中止调用不关闭子进程；
所有失败以文本打回引导改用 find/grep/read/LSP。新增模拟服务与真实
CLI 集成测试。

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README.md

@@ -6,7 +6,7 @@
 - 本仓库维护的 `pi-rtk-optimizer`：只处理 Bash/read 等输出压缩，默认不改写命令，也不处理搜索工具结果。
 - `context-mode@1.0.169`：通过 Pi adapter 提供 `ctx_*` 工具、上下文隔离和会话连续性。
 - 本仓库自维护的 `pi-web-search`：对模型只暴露 `web_search` / `web_fetch` 两个工具；`web_search` 由当前主模型在 Tavily / Exa / Keenable 间路由，`web_fetch` 固定走 Exa，三家均以纯 `fetch` 直连（Exa 为 `mcp.exa.ai` 的 JSON-RPC，不经 MCP adapter）。
-- `extensions/codegraph.ts`：注册原生 `codegraph_explore` 工具，每次调用以短命 `codegraph explore` CLI 进程完成，无常驻 server/daemon；未初始化项目经确认后才 `codegraph init`，结果按索引库 mtime 缓存。
+- `extensions/codegraph.ts`：注册原生 `codegraph_explore` 工具，按索引根惰性启动常驻 `codegraph serve --mcp` 子进程，由组合包自有 stdio JSON-RPC 客户端直连（无 MCP adapter/SDK）；serve 的文件监听自动同步索引，无结果缓存；未初始化项目经确认后才 `codegraph init`，拒绝记入会话不再重复询问。
 - `extensions/context-view.ts`：通过 `/context` 只读显示 `pi-compaction` 的 effective context，不建立第二套上下文口径。
 - `pi-lsp@0.1.7`：为 TypeScript/JavaScript、Kotlin 和 Java 提供 LSP 诊断、跳转与符号工具；TypeScript 后端由组合包内置。
 - `pi-hermes-memory/`：从官方 `pi-hermes-memory v0.9.10` 源码导入的持久记忆扩展，提供全局/项目/用户/失败四类记忆、SQLite FTS5 会话与记忆检索、`SKILL.md` 过程记忆、correction 检测与自动 consolidation。
@@ -120,7 +120,7 @@ Tool Search 常驻，保证 policy 指示与模型可见工具一致。
 `config/pi-hermes-memory.json`。
 
 CodeGraph 采用惰性初始化：`codegraph_explore` 在未建立索引的项目上被调用时会先向用户确认，
-确认后才运行 `codegraph init` 并自动重试本次探索；不需要手动执行任何初始化命令。
+确认后才运行 `codegraph init` 并自动重试本次探索，拒绝一次后本会话不再询问；不需要手动执行任何初始化命令。
 
 默认配置不需要系统 `rtk` CLI。只有以后在 `/rtk` 中主动开启 RTK command rewriting 时，才需要另外安装 `rtk` 可执行文件。
 
@@ -273,17 +273,21 @@ key 值支持 auth.json 原生解析语义：`$VAR` / `${VAR}` 环境变量插
 
 ### CodeGraph 是原生工具
 
-`extensions/codegraph.ts` 注册原生 `codegraph_explore` 工具，不走 MCP：每次调用以 argv 形式
-直接执行机器级 `codegraph explore`（上游保证其输出与 `codegraph_explore` MCP 工具一致），
-进程随调用结束，不维护常驻 server 或 daemon。`projectPath` 缺省为会话 cwd，沿目录向上寻找
-最近的 `.codegraph/codegraph.db`；`maxFiles` 透传 `--max-files`。
+`extensions/codegraph.ts` 注册原生 `codegraph_explore` 工具，不走 MCP adapter/SDK：每个索引根
+惰性启动一个常驻 `codegraph serve --mcp -p <root>` 子进程，由组合包自有的
+`extensions/codegraph-client.ts` 以逐行 JSON-RPC over stdio 直连（与 `pi-web-search` 直连 Exa
+同一思路），`initialize` → `tools/list` → 每次调用一次 `tools/call`。`projectPath` 缺省为会话 cwd，
+沿目录向上寻找最近的 `.codegraph/codegraph.db` 决定索引根；调用参数只透传上游
+`inputSchema` 声明的属性。
 
-结果按 `(索引根, query, maxFiles)` 缓存在扩展内，并以索引库 mtime 作为有效性判据：任何
-重建或同步都会更新 mtime 使旧缓存自动失效，模型对同一区域反复探索时重复调用立即返回。
+与一次性 `codegraph explore` CLI 不同，serve 进程内置文件监听会自动同步索引，新符号数秒内
+可搜到，因此扩展不再做结果缓存。子进程闲置 10 分钟或会话结束时关闭；调用因子进程死亡失败时
+换新客户端透明重试一次。serve 可能拉起 CodeGraph 自己的 daemon（`.codegraph/daemon.sock`），
+子进程退出后最多再驻留 5 分钟——这是上游行为，组合包不管理它。
 
 若目标目录没有索引，工具先弹出确认；用户同意后运行 `codegraph init` 并自动重试本次调用，
-拒绝或 CLI 不可用/执行失败时把结果打回并提示改用 `find`/`grep`/`read`/LSP，不影响其他扩展。
-索引状态可在项目内自行检查：
+拒绝一次后本会话不再询问；CLI 不可用或服务调用失败时把结果打回并提示改用
+`find`/`grep`/`read`/LSP，不影响其他扩展。索引状态可在项目内自行检查：
 
 ```bash
 codegraph status