feat: 新增系统提示词封面，并修正工具结果投影与常驻工具

系统提示词封面（新增能力）：

- extensions/system-prompt-cover.ts：读取 ~/.pi/agent/SYSTEM_COVER.md，
  在 before_agent_start 返回 { systemPrompt }，用文本拼接替换 Pi 默认
  系统提示词的开头，同时保留 tools / rules / docs / skills /
  project_context / cwd 全部分区及其原始顺序。
- 必须走 forceSystemPrompt 投影路径。customPrompt 选项会连带抑制
  tools / rules / docs 三个分区，而回填只能追加到末尾，无法恢复原顺序；
  且 forceSystemPrompt 优先级更高，二者同时存在时 customPrompt 会被
  静默忽略，因此 handler 不得写 customPrompt。
- 分割边界要求独占一行的裸标签：<project_instructions path="..."> 嵌套在
  <project_context> 内，只有裸标签才是分区边界。
- 注册在 tool-routing 之前，否则提示词已被压平，改 systemPromptOptions
  不再影响本轮请求。
- scripts/deploy-system-prompt-cover.mjs：同目录临时文件 + rename 原子
  覆盖，不保留备份；install.sh 从脚本目录、update.sh 从升级后组合包
  定位 helper，禁止回退到可能陈旧的脚本目录。
- 封面缺失、不可读或空白时静默 no-op，Pi 行为保持不变；封面每轮重新
  读取，修改后在下一轮生效，不影响已结束的历史对话。

pi-compaction 投影修正：

- 仅在「摘要 + Source 行」严格短于原文时才替换工具结果。此前命中即
  无条件替换，小结果反而被包壳放大；未替换的结果完整保留原始 content
  parts（含非文本部分）。
- deterministic.maxStubTokens 由 256 提升到 1024。

pi-tool-search 常驻工具：

- alwaysEnabled 增加 context_tree_query：恢复被投影的工具证据不应依赖
  一次 tool_search 激活，常驻同时保持请求前缀稳定。
- BUNDLE_TOOL_SEARCH_DEFAULTS_VERSION 由 3 提升到 4；
  scripts/migrate-tool-search-settings.mjs 新增 version-3 快照常量，
  使其与 version-2 一样可被完整精确匹配并迁移。
- 权限策略为 context_tree_query 显式 allow：它只读扩展自己的 segment
  索引、不触碰工作区，常驻后不应每轮触发 AutoReview 往返。该种子仅在
  全新安装时部署，已存在的用户 policy.jsonc 不会被覆盖。

文档与测试同步：

- AGENTS.md：新增 system-prompt-cover 开发约定，修正加载顺序、
  bundleDefaultsVersion、可迁移旧快照集合与常驻工具范围的描述。
- pi-tool-search 的 README / CHANGELOG 同步 version 4 与新增常驻工具。
- tests/system-prompt-cover.test.ts：覆盖顺序保持、尾部逐字节不变、
  嵌套 project_instructions 不误判、部署幂等与覆盖、缺源时非零退出。
- 修正 pi-tool-search/test/config.test.ts 与
  tests/tool-search-settings-migration.test.ts 中写死的 version 3 与
  工具列表断言。
- update-git-clean-recovery / tool-search-settings-migration 的 mock
  组合包补拷 scripts/，与真实发布包结构一致，避免 helper 定位失败。

测试：根 61/61、pi-compaction 36/36 + tsc、pi-tool-search 16/16 + tsc、
pi-permission-system 2577/2577；sh -n 与 git diff --check 通过。

update.sh

@@ -142,6 +142,43 @@ migrate_tool_search_settings() {
 	esac
 }
 
+resolve_agent_dir() {
+	if [ -n "${PI_CODING_AGENT_DIR:-}" ]; then
+		case $PI_CODING_AGENT_DIR in
+			~/*) printf '%s\n' "$HOME/${PI_CODING_AGENT_DIR#~/}" ;;
+			*) printf '%s\n' "$PI_CODING_AGENT_DIR" ;;
+		esac
+		return 0
+	fi
+	printf '%s\n' "$HOME/.pi/agent"
+}
+
+# 把组合包权威的系统提示词封面同步到 agent 目录；未受管的自定义封面会被覆盖。
+deploy_system_prompt_cover() {
+	if [ -z "${updated_bundle_dir:-}" ] || [ ! -f "$updated_bundle_dir/scripts/deploy-system-prompt-cover.mjs" ]; then
+		warn "无法定位升级后组合包中的 SYSTEM_COVER.md 部署辅助脚本，已保留现有封面。"
+		return 1
+	fi
+	if ! command -v node >/dev/null 2>&1; then
+		warn "找不到 node，无法同步 SYSTEM_COVER.md；Pi 将使用默认系统提示词封面。"
+		return 1
+	fi
+	cover_helper=$updated_bundle_dir/scripts/deploy-system-prompt-cover.mjs
+	cover_agent_dir=$(resolve_agent_dir) || return 1
+	cover_status=$(node "$cover_helper" "$cover_agent_dir" 2>&1) || {
+		warn "SYSTEM_COVER.md 同步失败：$cover_status"
+		return 1
+	}
+	case $cover_status in
+		created) say "✓ 已部署系统提示词封面：$cover_agent_dir/SYSTEM_COVER.md" ;;
+		updated) say "✓ 已同步系统提示词封面到组合包当前版本。" ;;
+		current) say "✓ 系统提示词封面已是当前组合包版本。" ;;
+		*)
+			warn "SYSTEM_COVER.md 部署返回未知状态：$cover_status"
+			return 1
+			;;
+	esac
+}
 resolve_zsh_paths() {
 	oh_my_zsh_dir=${ZSH:-$HOME/.oh-my-zsh}
 	zsh_custom_dir=${ZSH_CUSTOM:-$oh_my_zsh_dir/custom}
@@ -439,6 +476,7 @@ else
 fi
 select_updated_bundle_config || exit 1
 migrate_tool_search_settings || record_update_failure "Tool Search 用户配置"
+deploy_system_prompt_cover || record_update_failure "SYSTEM_COVER.md"
 
 say "组合包升级完成，开始升级已安装的终端环境和机器级 CLI；未安装项将直接跳过。"
 update_kitty || record_update_failure "Kitty"