feat: 接入 Pi 内置 codemode，并修复全面审查发现的问题

- codemode：Tool Search 常驻（alwaysEnabled）、权限 allow（嵌套调用仍逐个过权限门）、
  tools.jsonc 登记使用规则；RTK 跳过 parentToolCallId 嵌套调用，避免丢失 bash
  structuredContent；Tool Search 目录过滤 hidden / codemode（script-only）exposure；
  扩展加载测试加载 builtin:codemode 并断言其常驻激活
- 搜索 key 不再经命令行参数传递：search-auth.mjs 改为 --set-stdin（先读校验再加锁），
  configure.sh 交互输入经管道、非交互用 --<provider> -
- CodeGraph 客户端监听子进程 stdin error，避免 EPIPE 未处理导致崩溃
- 移除 PI_TOOL_SEARCH/HERMES_MEMORY/RTK_CONFIG_PATH 环境变量入口，测试改用工厂 configPath 注入
- pi-subagents 固定 vitest / coverage-istanbul 4.1.10，修复 npm ls 版本冲突
- 补 pi-web-search / pi-worktree UPSTREAM.md 与 pi-minimal-footer AGENTS.md，
  files 白名单补齐并加测试；.codegraph/.gitignore 移出跟踪
- detect_kitty 优先识别官方安装目录

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README.md

@@ -167,7 +167,7 @@ CodeGraph 的更新或遥测设置。
 
 本地源码直接使用 `@earendil-works/pi-coding-agent`、当前 `typebox`、`ModelRegistry.complete()` 与 `setActiveTools()`，不安装、别名映射或加载旧 `@mariozechner` runtime，也不使用 provider payload 改写、代理执行或隐藏 `sendMessage` 循环。
 
-新 session 默认常驻 Pi 核心 `read`、`write`、`edit`、`bash`、`grep`、`find`，以及 `codegraph_explore`、`lsp_diagnostics`、六个记忆工具、`context_tree_query`、`overflow_query` 和 `tool_search`；Windows 上额外把内置 `powershell` 与 `bash` 作为同类本地 Shell 核心工具固定启用，非 Windows 平台则从目录中过滤它。组合包在 `pi-tool-search/extensions/bundle-groups.ts` 中为自身暴露的工具预置权威分组，包括本地文件导航、SSH 远端文件/命令、Chrome 导航/交互/调试、用户交互、CodeGraph/LSP、Tavily、Exa、Keenable、Memory 查询/维护与 Skill 管理。不可用、已固定或尚未授权而未注册的可选工具会自动从动态组中滤除。
+新 session 默认常驻 Pi 核心 `read`、`write`、`edit`、`bash`、`grep`、`find`，以及 `codegraph_explore`、`lsp_diagnostics`、六个记忆工具、`context_tree_query`、`overflow_query`、Pi 内置 `codemode`（exposure `model-only`）和 `tool_search`；Windows 上额外把内置 `powershell` 与 `bash` 作为同类本地 Shell 核心工具固定启用，非 Windows 平台则从目录中过滤它。exposure 为 `hidden` 或 `codemode`（script-only）的工具一律不进入目录。`codemode` 在权限策略中为 `allow`：脚本本身无副作用，脚本发起的每个嵌套工具调用仍携带 `parentToolCallId` 经过同一权限门裁决；RTK 跳过所有嵌套调用，保证 bash 的 `structuredContent` 原样传给脚本。组合包在 `pi-tool-search/extensions/bundle-groups.ts` 中为自身暴露的工具预置权威分组，包括本地文件导航、SSH 远端文件/命令、Chrome 导航/交互/调试、用户交互、CodeGraph/LSP、Tavily、Exa、Keenable、Memory 查询/维护与 Skill 管理。不可用、已固定或尚未授权而未注册的可选工具会自动从动态组中滤除。
 
 标准组合包的全部隐藏工具都能命中预置目录，因此首次使用不调用模型、不生成用户缓存，也不把完整隐藏 schema 发送给 provider。只有用户另外安装了未识别工具，并且当前调用不是精确加载已有分组时，才可使用当前已认证模型补充目录；精确已有分组始终立即按当前确定性目录激活，不等待无关未知工具的模型增强。模型结果必须保留组合包预置分组，否则直接拒绝。有效增强缓存以 `0600` 写到 agent 目录的 `my-pi/tool-search/catalog-v1.json`，调用用量计入工具结果。用户 `groupOverrides` 的优先级高于预置目录；`/tool-search-rebuild` 会恢复预置目录，`/tool-search-status` 显示目录来源、容量、LRU 顺序和最近淘汰原因。
 
@@ -187,7 +187,8 @@ Tool Search 的配置文件是已安装组合包内的 `config/tool-search.json`
     "memory_remove",
     "skill_manage",
     "context_tree_query",
-    "overflow_query"
+    "overflow_query",
+    "codemode"
   ],
   "showToolSearchFooterStatus": false,
   "maxActiveGroups": 5,
@@ -241,10 +242,10 @@ RTK 保留 Bash、read、build、test、lint 和 Git 输出压缩。默认 `read
 
 ### 在线搜索服务
 
-运行 `./configure.sh search` 可用隐藏输入依次配置 Tavily、Exa 和 Keenable；也可一次无交互配置：
+运行 `./configure.sh search` 可用隐藏输入依次配置 Tavily、Exa 和 Keenable；key 不得出现在命令行参数中，非交互方式从标准输入读取（每次调用最多一个 provider）：
 
 ```bash
-./configure.sh search --tavily '...' --exa '...' --keenable '...'
+printf '%s' "$TAVILY_API_KEY" | ./configure.sh search --tavily -
 ```
 
 只传部分参数时保留其他服务的已有值。凭据写入 Pi 自己的