feat: 接入 Pi 内置 codemode，并修复全面审查发现的问题

- codemode：Tool Search 常驻（alwaysEnabled）、权限 allow（嵌套调用仍逐个过权限门）、
  tools.jsonc 登记使用规则；RTK 跳过 parentToolCallId 嵌套调用，避免丢失 bash
  structuredContent；Tool Search 目录过滤 hidden / codemode（script-only）exposure；
  扩展加载测试加载 builtin:codemode 并断言其常驻激活
- 搜索 key 不再经命令行参数传递：search-auth.mjs 改为 --set-stdin（先读校验再加锁），
  configure.sh 交互输入经管道、非交互用 --<provider> -
- CodeGraph 客户端监听子进程 stdin error，避免 EPIPE 未处理导致崩溃
- 移除 PI_TOOL_SEARCH/HERMES_MEMORY/RTK_CONFIG_PATH 环境变量入口，测试改用工厂 configPath 注入
- pi-subagents 固定 vitest / coverage-istanbul 4.1.10，修复 npm ls 版本冲突
- 补 pi-web-search / pi-worktree UPSTREAM.md 与 pi-minimal-footer AGENTS.md，
  files 白名单补齐并加测试；.codegraph/.gitignore 移出跟踪
- detect_kitty 优先识别官方安装目录

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Co-Authored-By: Devin <158243242+devin-ai-integration[bot]@users.noreply.github.com>

pi-hermes-memory/scripts/benchmark-memory-startup.mjs

@@ -24,10 +24,10 @@ const emit = async (event, data = {}) => {
 
 try {
   process.env.PI_CODING_AGENT_DIR = root;
-  process.env.PI_HERMES_MEMORY_CONFIG_PATH = join(root, "hermes-memory-config.json");
+  const configPath = join(root, "hermes-memory-config.json");
   await mkdir(globalDir);
   await mkdir(ctx.cwd);
-  await writeFile(process.env.PI_HERMES_MEMORY_CONFIG_PATH, JSON.stringify({
+  await writeFile(configPath, JSON.stringify({
     lazyInitialization: lazy, memoryMode: "policy-only",
     reviewEnabled: false, correctionDetection: false,
     flushOnShutdown: false, flushOnCompact: false,
@@ -40,7 +40,10 @@ try {
   }
 
   const started = performance.now();
-  const { default: register } = await import(pathToFileURL(resolve(entry)).href);
+  const module = await import(pathToFileURL(resolve(entry)).href);
+  const register = module.createHermesMemoryExtension
+    ? module.createHermesMemoryExtension({ configPath })
+    : module.default;
   const imported = performance.now();
   register({
     on(event, handler) {