feat: 接入 Pi 内置 codemode，并修复全面审查发现的问题

- codemode：Tool Search 常驻（alwaysEnabled）、权限 allow（嵌套调用仍逐个过权限门）、
  tools.jsonc 登记使用规则；RTK 跳过 parentToolCallId 嵌套调用，避免丢失 bash
  structuredContent；Tool Search 目录过滤 hidden / codemode（script-only）exposure；
  扩展加载测试加载 builtin:codemode 并断言其常驻激活
- 搜索 key 不再经命令行参数传递：search-auth.mjs 改为 --set-stdin（先读校验再加锁），
  configure.sh 交互输入经管道、非交互用 --<provider> -
- CodeGraph 客户端监听子进程 stdin error，避免 EPIPE 未处理导致崩溃
- 移除 PI_TOOL_SEARCH/HERMES_MEMORY/RTK_CONFIG_PATH 环境变量入口，测试改用工厂 configPath 注入
- pi-subagents 固定 vitest / coverage-istanbul 4.1.10，修复 npm ls 版本冲突
- 补 pi-web-search / pi-worktree UPSTREAM.md 与 pi-minimal-footer AGENTS.md，
  files 白名单补齐并加测试；.codegraph/.gitignore 移出跟踪
- detect_kitty 优先识别官方安装目录

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pi-rtk-optimizer/AGENTS.md

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 - RTK 默认只压缩非搜索输出，包括本地 `bash` 与远端 `ssh_bash` 的 ANSI 清理、测试聚合、构建过滤、Git 压缩、Lint 聚合；兜底截断默认关闭，新结果的展示截断由 pi-overflow 统一负责；`ssh_bash` 只复用输出处理，远端命令不得进入 RTK rewrite。
 - RTK 命令改写默认关闭（`commandRewritingEnabled` 默认 `false`）；默认安装不依赖系统 `rtk` CLI，只有用户主动开启命令改写时才需要 `rtk rewrite`，其命令支持策略由已安装的 `rtk rewrite` 决定，不在扩展内重复维护规则。
 - FFF override 独占搜索工具与搜索输出；RTK 不得处理本地或远端搜索工具的调用/结果（含 `grep` 工具结果），也不得通过默认命令改写接管 `rg`、`grep`、`find`、`fd`。
+- RTK 不处理带 `parentToolCallId` 的嵌套调用（codemode 脚本内调用），否则会丢失 bash 的 structuredContent。
 - `readCompaction.enabled`、`sourceCodeFilteringEnabled` 和 `smartTruncate.enabled` 当前均默认 `false`，源码读取保持原样；未经用户明确决定，不因节省上下文而改变这些默认值。若以后开启 read 压缩，优先考虑 `readCompaction + smartTruncate`，源码过滤仍独立评估；必须保留精确 `offset/limit` 读取、短文件和行锚点的完整性。
 - read 压缩属于有损能力。任何默认值调整都必须同时说明哪些内容可能被省略、精确读取如何恢复原文，以及对 `edit` 文本匹配和排障证据的影响。
 - 工具输出压缩可能损失证据。排障和审计相关改动应优先保证原始输出可恢复，并覆盖锚点完整性和截断边界。