feat: 接入 Pi 内置 codemode，并修复全面审查发现的问题

- codemode：Tool Search 常驻（alwaysEnabled）、权限 allow（嵌套调用仍逐个过权限门）、
  tools.jsonc 登记使用规则；RTK 跳过 parentToolCallId 嵌套调用，避免丢失 bash
  structuredContent；Tool Search 目录过滤 hidden / codemode（script-only）exposure；
  扩展加载测试加载 builtin:codemode 并断言其常驻激活
- 搜索 key 不再经命令行参数传递：search-auth.mjs 改为 --set-stdin（先读校验再加锁），
  configure.sh 交互输入经管道、非交互用 --<provider> -
- CodeGraph 客户端监听子进程 stdin error，避免 EPIPE 未处理导致崩溃
- 移除 PI_TOOL_SEARCH/HERMES_MEMORY/RTK_CONFIG_PATH 环境变量入口，测试改用工厂 configPath 注入
- pi-subagents 固定 vitest / coverage-istanbul 4.1.10，修复 npm ls 版本冲突
- 补 pi-web-search / pi-worktree UPSTREAM.md 与 pi-minimal-footer AGENTS.md，
  files 白名单补齐并加测试；.codegraph/.gitignore 移出跟踪
- detect_kitty 优先识别官方安装目录

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pi-web-search/AGENTS.md

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 - `web_fetch` 固定走 Exa `web_fetch_exa`，失败时静默降级 Keenable → Tavily；Exa 搜索统一走 `web_search_advanced_exa` 并显式约束 `numResults` 与 `textMaxCharacters`；Tavily 默认 `search_depth: basic` 且必须在 `auth.json` 存在 `tavily` api_key 凭据才参与路由；Keenable keyless 可用，`keenable` 凭据仅提高速率限制。
 - `clients/` 为纯 `fetch` 直连，不使用 `pi-mcp-adapter` 或任何 MCP SDK：Tavily 走 `api.tavily.com`（必须有 key）；Keenable 复刻上游 client，保留 keyless `/public` 端点与 SSRF 防护；Exa 直接对 `https://mcp.exa.ai/mcp` 发 JSON-RPC——`initialize` 一次并缓存 `mcp-session-id`，随后 `tools/call`，HTTP 404 视为会话失效自动重建并重试一次；`exa` 凭据通过 `x-api-key` 请求头发送，不得放入 URL、仓库文件或日志。
 - 搜索 key 统一保存在 Pi 的 `auth.json`（`tavily`/`exa`/`keenable` 各一条 `api_key` 凭据，文件权限 `600` 且不得提交）；key 支持 `!command` 执行、`$VAR`/`${VAR}` 插值间接寻址，`$$`/`$!` 转义。credential `env` 优先于进程 env；显式进程环境变量不再直接读取，env 注入通过 `"key": "$VAR"` 表达。
-- `configure.sh search` 与 `scripts/search-auth.mjs` 以交互或参数方式写入凭据：加锁后原子写、权限 `600`、保留全部其他条目，支持 `--migrate` 从旧 `search.env` 一次性导入；只输出配置状态，禁止回显 key。`auth.ts` 每次调用读取 `auth.json`。
+- `configure.sh search` 与 `scripts/search-auth.mjs` 以交互或标准输入方式写入凭据，key 不得出现在命令参数中：加锁后原子写、权限 `600`、保留全部其他条目，支持 `--migrate` 从旧 `search.env` 一次性导入；只输出配置状态，禁止回显 key。`auth.ts` 每次调用读取 `auth.json`。